文献

J-GLOBAL ID：201802225807936130   整理番号：18A0132030

HomBlocks:局所共線ブロック探索に基づくオルガネラ系統ゲノミクスのための多重アライメントの構築パイプライン【Powered by NICT】

HomBlocks: A multiple-alignment construction pipeline for organelle phylogenomics based on locally collinear block searching

著者 (9件)： Bi Guiqi (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Bi Guiqi (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Mao Yunxiang (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Mao Yunxiang (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Mao Yunxiang (Laboratory for Marine Biology and Biotechnology, Qingdao National Laboratory for Marine Science and Technology, Qingdao, China) ,  Xing Qikun (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Xing Qikun (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China) ,  Cao Min (Key Laboratory of Marine Genetics and Breeding (OUC), Ministry of Education, Qingdao, China) ,  Cao Min (College of Marine Life Sciences, Ocean University of China, Qingdao, China)
資料名： Genomics  (Genomics)
巻： 110  号： 1  ページ： 18-22  発行年： 2018年 
JST資料番号： T0422A  ISSN： 0888-7543  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： オルガネラ系統ゲノム解析は事前整列単一遺伝子データセットによる連接正確に構成された多重遺伝子アラインメントマトリックスを必要とする。非バイオインフォマティクスには,十または百相同遺伝子の高品質多重遺伝子アラインメントを人手で作成に数日から数週間を取ることができる。ここでは,新しい高効率パイプライン,HomBlocks,多重配列アラインメントを構築するための相同ブロック探索法を用いたについて述べた。この方法は自動的にオルガネラゲノム間の局所的に共線ブロックを認識し,系統学的に有益な領域を数時間で多重配列アラインメントを構築することができる。さらに,HomBlocksは注解のないオルガネラゲノムを支持し,異なる分類群データセットへの調整をし,それによってできるだけ多くの共通遺伝子の包含を可能にした。異なる分類群カテゴリーで実行された従来の多重遺伝子とHomBlocks配列によって構築された木のトポロジー比較は,同じ効率は,従来の方法を用いた場合HomBlocksにより達成できることを示した。Homblocksの利用可能性は,非バイオインフォーマティシアンにアクセス可能なオルガネラ系統発生解析を,オルガネラゲノムレベルでの系統学的関係のより良い理解をもたらすこと,有望である。HomBlocksはPerlで実装し,Unix手術システムにより支持され,LinuxとmacOSを含んでいる。Perlソースコードはhttps://github.com/fenghen360/HomBlocks.gitからダウンロードのための自由に利用できる,ドキュメンテーションと個人指導したhttps://github.com/fenghen360/HomBlocksで利用可能である。接触:[e-mail]または[e-mail] 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 外科用器具 ,  *オルガネラ ,  系統発生 ,  *多重化 ,  *アラインメント ,  Linux ,  位相幾何学 ,  遺伝子
準シソーラス用語： Perl ,  分類群 ,  系統学 ,  配列アライメント ,  相同遺伝子 ,  バイオインフォマティクス ,  *ゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 細胞小器官系統ゲノミクス ,  局所共線ブロック ,  配列構築 ,  効率的なパイプライン

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  進化論一般  (EC03010Q)

タイトルに関連する用語 (8件)： 探索 ,  オルガネラ ,  系統 ,  ゲノミクス ,  多重 ,  アライメント ,  構築 ,  パイプライン