抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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GBレベルからTBレベルへのゲノム配列データの劇的な増加により,このデータチャレンジに対処するために,マンコアアーキテクチャに依存する一連の強力な計算加速器が提案されている。GPUとXeon Phiは,トップ500スーパーコンピュータリストによって示されるように,高性能コンピューティングにおける最も一般的な加速器である。Intel Xeon Phiは,x86アーキテクチャに基づいているので,便利で魅力的な加速器であり,多くの符号化努力なしにx86ベースのプロセッサのために最初に書かれたアプリケーションを容易に実行できる。本論文では,ゲノム変異体の分析における最も時間のかかるステップの一つである配列アラインメント問題に焦点を当てた。著者らの研究は,最も広範なアラインメントツール,BWAアライナの一つに基づいている。著者らは,マルチコアプロセッサおよびマンコア加速器から成る不均一システム上で,BWAアライナを効率的に実行するための異なる解決策を研究した。データ並列化とデータ複製に基づくマルチレベル戦略(MDPR)を提案した。MDPR戦略は,マルチコアプロセッサ(Xeon)とマンコア加速器(Xeon Phi)を含むシステムにおいて,並列性のいくつかの階層的レベルを用いて実行した。特定のデータ構造の複製と並列化を含むマルチプロセスとマルチスレッド方式を通して,BWA実行時間における実質的改良を得た。この戦略は,メモリの局所性を改善し,NUMAアーキテクチャ上でのメモリ輻輳を低減する階層的な方式を用いて,また,Xeon Phiプロセッサ上でのメモリ輻輳を低減する,対称モードで動作する。提案はBWAに適用されたが,この戦略はBWAアライナのものと類似の動作原理を持つ他のシーケンスアラインメントツールに容易に外挿できる。著者らの提案を,ネイティブ,オフロードおよび対称モードで実行される他の戦略と比較して,著者らの実験において有意な改善が得られた。Copyright 2018 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】
