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J-GLOBAL ID：201802227271740748   整理番号：18A0517929

GPUと不揮発性メモリを用いたK-mer周波数計数の加速【Powered by NICT】

Accelerating K-mer Frequency Counting with GPU and Non-Volatile Memory

著者 (3件)： Cadenelli Nicola ,  Polo Jorda ,  Carrera David
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2017  号： HPCC/SmartCity/DSS  ページ： 434-441  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代シークエンシング(NGS)プラットホームの出現は,ゲノム配列決定のスループットと同様に加工されており,分析のための高効率的な計算を必要とする必要があることをデータの量を増加させた。これに関連して,加速器と不揮発性メモリを含む最新のアーキテクチャはこれらのバイオインフォマティクスワークロードの大規模開発を可能にするために必須である。変異体呼び出しについての最新の参照フリー方法の主な成分,SMUFIN,GPUとNVM素子を最大限に活用する適応の再設計を提示した。SMUFINはDNA配列,多くのバイオインフォマティクス作業負荷のための良く知られた問題を構成する,k量体の周波数(長さkの部分文字列)の計数に依存し,ゲノムアセンブリである。k-mer計数の効率を改善し,GPUとNVM駆動による単一機械にMarenostrum3の16ノードを必要とする用いたSMUFINのような作業負荷をスケールアップする技術を提案した。結果は単一機械は16ノードの溶液に時間を改善することはできないが,そのCPU時間は16ノードの集合体CPU時間より7.5倍短いことを示し,5.5xのエネルギー消費の低減Copyright 2018 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： スループット ,  再設計 ,  凝集体 ,  *周波数 ,  スケールアップ ,  エネルギー消費 ,  CPU時間 ,  文字列 ,  計算機アーキテクチャ ,  *不揮発性メモリ ,  *周波数計
準シソーラス用語： ゲノムアセンブリ ,  バイオインフォマティクス ,  DNA配列 ,  次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 半導体集積回路  (NC03162T)

タイトルに関連する用語 (4件)： GPU ,  不揮発性メモリ ,  周波数計 ,  加速