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J-GLOBAL ID：201802227575931903   整理番号：18A1110341

3つの不変なHI-C相互作用パターン:ゲノム集合への応用【JST・京大機械翻訳】

Three invariant Hi-C interaction patterns: Applications to genome assembly

著者 (3件)： Oddes Sivan (Department of Physiology, Biophysics & Systems Biology, Rappaport Faculty of Medicine, Technion - Israel Institute of Technology, Haifa, Israel) ,  Zelig Aviv (Department of Physiology, Biophysics & Systems Biology, Rappaport Faculty of Medicine, Technion - Israel Institute of Technology, Haifa, Israel) ,  Kaplan Noam (Department of Physiology, Biophysics & Systems Biology, Rappaport Faculty of Medicine, Technion - Israel Institute of Technology, Haifa, Israel)
資料名： Methods  (Methods)
巻： 142  ページ： 89-99  発行年： 2018年 
JST資料番号： W0241A  ISSN： 1046-2023  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代配列決定データからの参照品質ゲノムの集合はゲノミクスにおける重要な課題である。最近,著者らは,Hi-Cデータがゲノム集合の分野におけるいくつかの顕著な挑戦に取り組むために使用できることを示した。この原理は学界と産業で開発されており,いくつかの主要なゲノムの組み立てに使われてきた。本論文では,これらのアプローチが構築できる3つの不変のHi-C相互作用パターンを定量的に定義し,特性化することにより,Hi-Cベースの集合アプローチの基礎となる中心原理を調べた。すなわち,染色体内相互作用濃縮,距離依存相互作用減衰および局所相互作用平滑性である。具体的には,各不変パターンが異なる種,細胞型及びHi-Cマップ分解能において単一遺伝子座レベルでどの程度保持されるかを評価した。著者らは,これらのパターンが種と細胞型にわたって一般的に一貫しているが,配列決定深さにより影響され,マトリックスバランスが3つの不変パターンを持つ遺伝子座の一貫性を改善することを見出した。最後に,これらの不変パターンに照らして現在のHi-Cベースの組立手法を概観し,局所的な相互作用の滑らかさを用いて,極端にスパースなHi-Cマップにおける足場誤差を容易に検出できることを実証した。すべての3つの不変パターンを同時に考慮することは,より良いHi-Cベースのゲノム組立法をもたらす可能性があることを示唆した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： キャラクタリゼーション ,  三次元 ,  分解能 ,  染色体 ,  品質 ,  *相互作用 ,  *不変性 ,  平滑度 ,  *ゲノム
準シソーラス用語： 細胞型 ,  ゲノミクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 計算生物学 ,  ゲノミクス ,  ゲノム構築 ,  ゲノムのscaffolding ,  3Dゲノム ,  HI-C

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： Hi-C ,  相互作用 ,  ゲノム ,  集合 ,  応用