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J-GLOBAL ID：201802228053737333   整理番号：18A0112115

短時間の非平衡シミュレーションからのMarkov状態モデル: 推定バイアスの解析と補正

Markov state models from short non-equilibrium simulations-Analysis and correction of estimation bias

著者 (6件)： NUESKE Feliks (Freie Univ. Berlin, Berlin, DEU) ,  WU Hao (Freie Univ. Berlin, Berlin, DEU) ,  PRINZ Jan-Hendrik (Freie Univ. Berlin, Berlin, DEU) ,  WEHMEYER Christoph (Freie Univ. Berlin, Berlin, DEU) ,  CLEMENTI Cecilia (Rice Univ., Texas, USA) ,  NOE Frank (Freie Univ. Berlin, Berlin, DEU)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 146  号： 9  ページ： 094104.1-094104.16  発行年： 2017年03月07日 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大きな複雑な生体分子系の熱力学および速度論では,多くの短時間のシミュレーションデータに基づいて研究されているが,その場合のMarkov状態モデル(MSMs)は,短時間のシミュレーションが局所平衡にあるとの仮定に基づいている。この仮定に関しては長い間の議論があるが決着を見ていない。本研究では,短時間非平衡シミュレーションからのMSMsの見積もりを解析し,バイアスのない遷移確率と多くの短時間シミュレーションから期待される見積もりの間の誤差に対する表現を導いた。その結果,長い遅延時間および離散化の限界での比較的短時間の非平衡シミュレーションからでも,バイアスのないMSM見積もりが得られることを示した。

シソーラス用語： *確率モデル ,  計算機シミュレーション ,  バイアス ,  遷移確率 ,  誤差解析 ,  数学的変換 ,  *誤差
準シソーラス用語： *非平衡過程 ,  *Markovモデル ,  遅延時間 ,  離散化 ,  *推定誤差

分類 (2件)： 数値計算  (JE02000J) ,  統計力学一般,多体問題  (BA08010Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： 非平衡 ,  シミュレーション ,  推定 ,  バイアス ,  解析