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J-GLOBAL ID：201802228287449837   整理番号：18A0965772

ゾウリムシゲノミクスのための改良された方法と資源:転写単位,遺伝子アノテーションと遺伝子発現【JST・京大機械翻訳】

Improved methods and resources for paramecium genomics: transcription units, gene annotation and gene expression

著者 (10件)： Arnaiz Olivier (Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), CNRS, CEA, Univ. Paris-Sud, Universite Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette CEDEX, France) ,  Dijk Erwin Van (Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), CNRS, CEA, Univ. Paris-Sud, Universite Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette CEDEX, France) ,  Betermier Mireille (Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), CNRS, CEA, Univ. Paris-Sud, Universite Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette CEDEX, France) ,  Lhuillier-Akakpo Maoussi (Institut Jacques Monod, CNRS, UMR 7592, Universite Paris Diderot, Paris, France) ,  Lhuillier-Akakpo Maoussi (Current address: IRCM, CEA, INSERM UMR 967, Universite Paris Diderot, Universite Paris-Saclay, Fontenay-aux-Roses CEDEX, France) ,  Vanssay Augustin de (Institut Jacques Monod, CNRS, UMR 7592, Universite Paris Diderot, Paris, France) ,  Duharcourt Sandra (Institut Jacques Monod, CNRS, UMR 7592, Universite Paris Diderot, Paris, France) ,  Sallet Erika (LIPM, Universite de Toulouse, Castanet-Tolosan, France) ,  Gouzy Jerome (LIPM, Universite de Toulouse, Castanet-Tolosan, France) ,  Sperling Linda (Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC), CNRS, CEA, Univ. Paris-Sud, Universite Paris-Saclay, Gif-sur-Yvette CEDEX, France)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 483  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】Paramecium aurelia cryptic種複合体の15の同胞種は,数百万年前に発生した全ゲノム重複後に出現した。最近の世紀に得られたParameciumの遺伝学とepiティクスに関する広範な知識を考えると,この種複合体は,単細胞真核生物における全ゲノム重複の結果と,種分化を駆動する遺伝的およびエピジェネティック機構を調べるためのユニークな強力なシステムを提供する。高品質Paramecium遺伝子モデルはこのシステムを用いた研究に重要である。ここで報告した研究の主目的は,Paramecium系統のための改良遺伝子アノテーションパイプラインを構築することであった。【結果】著者らは,モデル種Paramecium tetraureliaのために,自己gamyの性的過程を通して,配向RNA-Seqトランスクリプトームデータを生成した。著者らは,繊毛虫において初めて,適応されたCap-Seqプロトコルを用いてP.tetraurelia転写開始部位候補を決定した。参照ゲノムへのRNA-SeqデータのTopHatマッピングと組み合わせたTruc,マルチスレッドPerlソフトウェアを開発し,アノテーションパイプラインの転写ユニットを予測した。著者らは,アノテーション証拠を結合するために,Eugeneソフトウェアを使用した。P.tetraureliaに対して得られた高品質遺伝子構造アノテーションを,3つの他のParamecium種に対する公表アノテーションを改善する証拠として用いた。RNA-Seqデータは,示差遺伝子発現分析にも使用され,以前に確立されたマイクロアレイ資源よりも感度が高い遺伝子発現アトラスを提供した。結論:Paramecium種のコンパクトなゲノムと小さなイントロンのために調整された遺伝子アノテーションパイプラインを開発した。このパイプライン,Trucの新規成分は,Cap-Seqと配向RNA-Seqデータを用いて転写ユニットを予測する。Trucは,特に高い遺伝子密度の場合,Parameciumを超えて有用であることを証明できた。3′および5′UTRの正確な予測は,遺伝子発現の研究(例えば,ヌクレオソーム位置決め,シス調節モチーフの同定)に対して特に価値がある。P.tetraureliaはトランスクリプトーム資源を改善し,P.tetraurelia,P.biaurelia,P.sexaureliaおよびP.caudataに対する遺伝子アノテーション,Paramecium-訓練Eugene構成はParameciumDB(http://paraecium.i2bc.paris-saclay.fr)を通して利用可能である。Trucソフトウェアは,GNU GPLv3ライセンス(https:/github.com/oarnaiz/Truc)の下で自由に配布されている。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝 ,  真核生物 ,  イントロン ,  遺伝子重複 ,  位置決め ,  複合体 ,  エピジェネティクス ,  トランスクリプトーム ,  *アノテーション ,  ゾウリムシ属 ,  RNA【核酸】 ,  ヌクレオソーム ,  ソフトウェア ,  *遺伝子発現
準シソーラス用語： マイクロアレイ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 繊毛虫 ,  CAP-seq ,  TSS ,  RNA-seq ,  遺伝子アノテーション ,  オートガミー ,  異なる遺伝子発現

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (38件)：

• Cold Spring Harb Perspect Biol; Epigenetics of ciliates; DL Chalker, E Meyer, K Mochizuki; 5; 2013; a017764; 10.1101/cshperspect.a017764; CR1;
• Proc Natl Acad Sci U S A; Sex, Sex Inheritance and Sex Determination in Paramecium Aurelia; TM Sonneborn; 23; 1937; 378-385; 10.1073/pnas.23.7.378; CR2;
• Annu Rev Genet; Behavioral genetics of Paramecium; Y Saimi, C Kung; 21; 1987; 47-65; 10.1146/annurev.ge.21.120187.000403; CR3;
• Betermier M, Duharcourt S. Programmed rearrangement in ciliates: Paramecium. Microbiol Spectr. 2014;2:MDNA3-0035-2014.
• J Eukaryot Microbiol; Paramecium aurelia revisited; AW Coleman; 52; 2005; 68-77; 10.1111/j.1550-7408.2005.3327r.x; CR5;

タイトルに関連する用語 (7件)： ゾウリムシ ,  ゲノミクス ,  資源 ,  転写 ,  遺伝子 ,  アノテーション ,  遺伝子発現