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J-GLOBAL ID：201802229117122517   整理番号：18A0790437

進化:長い遺伝子間非コードRNAの同定と進化的比較のためのツール【JST・京大機械翻訳】

Evolinc: A Tool for the Identification and Evolutionary Comparison of Long Intergenic Non-coding RNAs

著者 (7件)： Nelson Andrew D. L. (Beilstein Lab, School of Plant Sciences, University of Arizona) ,  Devisetty Upendra K. (CyVerse, Bio5, University of Arizona) ,  Palos Kyle (Beilstein Lab, School of Plant Sciences, University of Arizona) ,  Haug-Baltzell Asher K. (Lyons Lab, Genetics Graduate Interdisciplinary Group, University of Arizona) ,  Lyons Eric (CyVerse, Bio5, University of Arizona) ,  Lyons Eric (Lyons Lab, Genetics Graduate Interdisciplinary Group, University of Arizona) ,  Beilstein Mark A. (Beilstein Lab, School of Plant Sciences, University of Arizona)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 8  ページ： 52  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 長い遺伝子間非コードRNA(lincRNA)は,真核生物転写物の豊富で機能的に多様なクラスである。哺乳類における報告されたlincRNAレパートリーは変化するが,ゲノムの~90%をカバーする数千から数千の転写物において一般的に存在する。機能の解明に加えて,lincRNAの起源と進化の理解に特に興味がある。哺乳類とは異なり,lincRNA集団はまばらにサンプリングされており,進化解析に焦点を当てた進化解析はそれらの出現と持続性に焦点を合わせている。ここで著者らは,lincRNA発見を容易にし,lincRNA進化の側面を特徴付けるために設計された2モジュールパイプライン,Evolincを提示する。最初のモジュール(Evolincin-I)は,同定されたlincRNAの下流差分発現分析とゲノムブラウザ可視化を容易にするlincRNA同定ワークフローである。第2のモジュール(Evolinc-II)は,lincRNA遺伝子座が関連種のユーザ定義グループ内で保存されている系統発生的深さを決定するゲノムおよびトランスクリプトーム比較分析ワークフローである。ここでは,以前に注釈されたArabidopsisおよびヒトのlincRNAデータに対するEvolincin-Iにより生成されたlincRNAカタログを検証した。Evolincin-Iは以前の知見を再現し,追加の70のArabidopsisと43のヒトlincRNAを明らかにした。著者らは,5361のArabidopsis lincRNAの公共データセットの進化史を調べることにより,EvolincIIの有用性を実証した。著者らは,アブラナ科における種を通して保存された40lincRNAに,このデータセットをWinowに使用した。最後に,Evolin-IIが既知のlincRNA,ヒトテロメラーゼRNA(TERC)の進化的歴史の回復にどのように使用できるかを示した。これらの後者の分析は,マウスとラットに導く系統における新しいTERC遺伝子座の消失とその後の獲得と同様に予想外の重複事象を明らかにした。Evolincパイプラインは,現在,CyVerseのDiscovery環境に統合され,研究者による使用のために自由である。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ゲノム ,  真核生物 ,  Arabidopsis ,  ヒト ,  *RNA【核酸】 ,  トランスクリプトーム ,  哺乳類 ,  ワークフロー ,  系統発生 ,  遺伝子 ,  可視化
準シソーラス用語： 比較ゲノミクス ,  比較分析 ,  lincRNA ,  *非翻訳RNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： LincRNA ,  比較ゲノミクス ,  パイプライン ,  進化 ,  分子 ,  比較トランスクリプトーム

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  発生と分化  (EJ16020W)

タイトルに関連する用語 (4件)： 進化 ,  非コードRNA ,  同定 ,  ツール