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J-GLOBAL ID：201802229441247976   整理番号：18A1289290

実験的ディレクトリ構造(ExDIR):新しいファイルフォーマットを導入しないHDF5の代替案【JST・京大機械翻訳】

Experimental Directory Structure (Exdir): An Alternative to HDF5 Without Introducing a New File Format

著者 (14件)： Dragly Svenn-Arne (Centre for Integrative Neuroplasticity, University of Oslo) ,  Dragly Svenn-Arne (Department of Physics, University of Oslo) ,  Hobbi Mobarhan Milad (Centre for Integrative Neuroplasticity, University of Oslo) ,  Hobbi Mobarhan Milad (Department of Biosciences, University of Oslo) ,  Lepperod Mikkel E. (Centre for Integrative Neuroplasticity, University of Oslo) ,  Lepperod Mikkel E. (Institute of Basic Medical Sciences, University of Oslo) ,  Tennoe Simen (Centre for Integrative Neuroplasticity, University of Oslo) ,  Tennoe Simen (Department of Informatics, University of Oslo) ,  Fyhn Marianne (Centre for Integrative Neuroplasticity, University of Oslo) ,  Fyhn Marianne (Department of Biosciences, University of Oslo) ,  Hafting Torkel (Centre for Integrative Neuroplasticity, University of Oslo) ,  Hafting Torkel (Institute of Basic Medical Sciences, University of Oslo) ,  Malthe-Sorenssen Anders (Centre for Integrative Neuroplasticity, University of Oslo) ,  Malthe-Sorenssen Anders (Department of Physics, University of Oslo)
資料名： Frontiers in Neuroinformatics (Web)  (Frontiers in Neuroinformatics (Web))
巻： 12  ページ： 16  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7084A  ISSN： 1662-5196  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 自然科学は,異なる研究グループと商業企業によって開発された広範囲のフォーマットにおけるデータ量の増加を生み出す。同時に,再現性のある研究を可能にするために,出版物と共にデータを共有することが望まれている。オープンフォーマットは,データ共有と再現可能な研究を容易にする公開できる仕様を持っている。階層的データフォーマット5(HDF5)は,神経科学において広く使われている一般的なオープンフォーマットであり,しばしば,他の,より特殊なフォーマットのための基礎として広く使われている。しかし,HDF5の複雑な仕様に関連する欠点は,改良された置換のための議論を開始した。著者らは,その利点を保持しながら,HDF5に関連する欠点を修正する実験パイプラインにおけるデータ貯蔵のためのオープン仕様である,新しい代替案,実験指向構造(Exdir)を提案した。HDF5は,複雑な二値ファイル内の階層におけるデータとメタデータを保存し,それらの間で,バージョン制御システムに対して最適ではなく,外部アプリケーションからの生データへの容易なアクセスのためのサポートを欠いている。一方,Exdirは,ファイルシステムディレクトリを用いて,階層を表現し,人間の読みやすいYAMLファイルに記憶されたメタデータ,2元NumPyファイルに保存されたデータセット,およびサブディレクトリに直接保存された生データを用いる。さらに,複数のファイルでデータを保存することにより,バージョン制御システムを容易に追跡することができる。Exdirはそれ自身のファイルフォーマットではなく,ディレクトリ構造におけるファイル化ファイルに対する仕様である。ExdirはHDF5と同じ抽象化を使用し,HDF5抽象データモデルと互換性がある。いくつかの研究グループは,HDF5の代替としてディレクトリ階層に保存されているデータを既に用いているが,一般的な標準は存在しない。これにより,データ共有のための機会と,データの読み取り,書き込み,および分析のための一般的ツールの開発が制限される。Exdirはデータ蓄積,データ共有,再現性のある研究,学際的な協力からの新しい洞察を容易にする。Exdirの出版により,著者らは,可能な限り多くの必要性とデータ交換のためのオープンアクセスのための基礎として役立つオープン仕様を作り出すために,開発を結合するために科学的コミュニティを研究した。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 境界領域 ,  メタデータ ,  データ蓄積 ,  データ管理 ,  コミュニティ ,  *ディレクトリ ,  データモデル ,  再現性 ,  データフォーマット ,  応用プログラム ,  互換性 ,  制御系
準シソーラス用語： オープンアクセス ,  データ共有化 ,  *ファイルフォーマット , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： ファイルフォーマット ,  データストレージ ,  データ管理 ,  分析 ,  python

分類 (1件)： オペレーティングシステム  (JD03020J)

タイトルに関連する用語 (4件)： 実験 ,  ディレクトリ ,  ファイルフォーマット ,  代替案