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J-GLOBAL ID：201802229635058394   整理番号：18A0536404

MM-PBSA:挑戦と機会【Powered by NICT】

MM-PBSA: Challenges and opportunities

著者 (3件)： do Vale Hipolito Cavalheiro Joao Pedro (Institute of Applied Micro-Nano Science and Technology - IAMNST, Chongqing Key Laboratory of Colleges and Universities on Micro-Nano Systems Technology and Smart Transducing, Chongqing Engineering Laboratory for Detection, Control and Integrated System, National ...) ,  Pires Nuno Miguel Matos (Institute of Applied Micro-Nano Science and Technology - IAMNST, Chongqing Key Laboratory of Colleges and Universities on Micro-Nano Systems Technology and Smart Transducing, Chongqing Engineering Laboratory for Detection, Control and Integrated System, National ...) ,  Dong Tao (Department of Microsystems - IMS, Faculty of Technology, Natural Sciences and Maritime Sciences University College of Southeast Norway Kongsberg, Norway)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2017  号： CISP-BMEI  ページ： 1-6  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： かなりドッキングまたは得点法よりも正確であるが,かなり自由エネルギー摂動(FEP)より要求度の小さいため分子内力学Poisson-Boltzmann表面積(MM PBSA)は,自由結合エネルギー予測のための最も一般的な方法。本レビューでは,この方法に関連する最も重要な課題と機会を検討,評価した。以下の結論が得られた:予測に用いる環境に強く依存し,MM-PBSA計算の精度,分子動力学シミュレーション(MD)は,実験データが得られる条件,複雑な構造の存在に依存した条件は,この方法はまた荷電分子の正確な結果を提供できないことを示した。一方,多くの改善が結合自由エネルギー(SAAMBE),ブートストラップ,鈍り分子力学Poisson-Boltzmann表面積(dMM PBSA),g_mmpbsaと呼ばれる高スループット法,MM-PBSA計算とスコアリング機能の両方に基づく方法,不均一蛋白質特異的環境のための力場とこの有望な方法の精度を改善する多くの他の新しい方法に基づく変化単一アミノ酸突然変異のようなMM-PBSA計算に基づいていたので,多くの機会を提示した。本研究では,この分野における主要な傾向が何であるかを明らかにしようとするものである,MM-PBSAの適用性と効率の増強に寄与した。Copyright 2018 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 力の場 ,  電荷 ,  結合エネルギー ,  ブートストラップ ,  分子内力学 ,  予測 ,  *自由エネルギー ,  適応性 ,  突然変異 ,  計算機シミュレーション ,  表面積
準シソーラス用語： スコア化 ,  ハイスループット法 ,  結合自由エネルギー ,  分子動力学シミュレーション ,  スコア , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 分子化合物  (CE02000C) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (2件)： PBSA ,  機会