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J-GLOBAL ID：201802229688192890   整理番号：18A1994102

CASPBASE カスパーゼ機能的分岐と祖先配列推論の進化生化学研究のための曲線データベース【JST・京大機械翻訳】

The CaspBase: a curated database for evolutionary biochemical studies of caspase functional divergence and ancestral sequence inference

著者 (4件)： Grinshpon Robert D. (Department of Molecular and Structural Biochemistry, NC State University, Raleigh, North Carolina, 27608) ,  Williford Anna (Department of Biology, University of Texas at Arlington, Arlington, Texas, 76019) ,  Titus-McQuillan James (Department of Biology, University of Texas at Arlington, Arlington, Texas, 76019) ,  Clay Clark A. (Department of Biology, University of Texas at Arlington, Arlington, Texas, 76019)
資料名： Protein Science  (Protein Science)
巻： 27  号： 10  ページ： 1857-1870  発行年： 2018年 
JST資料番号： W2730A  ISSN： 0961-8368  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： シーケンスデータベースは,現代の科学者のツールキットのための強力なツールである。しかし,公共データベースにおけるほとんどの機能的アノテーションは計算的に決定され,人間の専門家によって検証されていない。計算研究から生成された仮説は現在実験に適しているが,結果の質は入力データの質に依存している。著者らは,注釈化されたカスパーゼ配列の高品質データセット編集を行い,系統発生シグナルを最大化し,公共データバンクから寄与されるノイズを低減するために,CaspBaseを開発した。ここでは,CaspBaseに対するカーレーションの方法と,研究者がCaspBase.orgからの配列をどのように獲得できるかについて述べた。カスパーゼの祖先蛋白質再構成(APR)を最適化するために,CaspBaseを開発するための著者らの即時の目標は,APR研究におけるCaspBaseの有用性を示す。著者らは,ヒトのカスパーゼファミリーパラログを比較するための共通位置(CP)システムも開発し,カスパーゼアミノ酸位置の最新の報告方法の最新としてCPシステムを提案した。CPシステムに対する標準化多重配列アラインメント(MSA)を示し,蛋白質の構造位置の定義におけるCaspBaseのような大規模データベースを用いる利点を示した。ここで述べた結果は,カスパーゼ進化と構造-機能研究に対するpertainであるが,この方法はいかなる遺伝子ファミリーにも適応することができる。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アノテーション ,  アミノ酸 ,  *データベース ,  科学者 ,  最適化 ,  再構成 ,  系統発生 ,  標準化 ,  編集 ,  雑音 ,  *カスパーゼ ,  タンパク質 ,  ヒト
準シソーラス用語： パラロガス遺伝子 ,  ツールキット , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： カスパーゼ ,  計算生物学 ,  蛋白質の進化 ,  祖先蛋白質再構築 ,  データベース・キュアリング ,  シーケンス解析

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (8件)： カスパーゼ ,  分岐 ,  推論 ,  進化 ,  生化学 ,  研究 ,  曲線 ,  データベース