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J-GLOBAL ID：201802229697235960   整理番号：18A2061644

ヒト生体試料のHTSライブラリー調製のための正確な細菌DNA定量分析【JST・京大機械翻訳】

An accurate bacterial DNA quantification assay for HTS library preparation of human biological samples

著者 (8件)： Seashols-Williams Sarah (Department of Forensic Science, Virginia Commonwealth University, Richmond, VA, USA) ,  Green Raquel (Department of Forensic Science, Virginia Commonwealth University, Richmond, VA, USA) ,  Wohlfahrt Denise (Department of Forensic Science, Virginia Commonwealth University, Richmond, VA, USA) ,  Brand Angela (Department of Forensic Science, Virginia Commonwealth University, Richmond, VA, USA) ,  Tan-Torres Antonio Limjuco (Department of Statistical Sciences and Operations Research, Virginia Commonwealth University, Richmond, VA, USA) ,  Nogales Francy (Department of Forensic Science, Virginia Commonwealth University, Richmond, VA, USA) ,  Brooks J Paul (Department of Statistical Sciences and Operations Research, Virginia Commonwealth University, Richmond, VA, USA) ,  Singh Baneshwar (Department of Forensic Science, Virginia Commonwealth University, Richmond, VA, USA)
資料名： Electrophoresis  (Electrophoresis)
巻： 39  号： 21  ページ： 2824-2832  発行年： 2018年 
JST資料番号： A0626B  ISSN： 0173-0835  CODEN： ELCTDN  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生物学的に関連する生物学的流体内の微生物分類群の配列決定と分類は,法医科学と生物医学分野での応用の可能性を有する。ヒト試料からの細菌DNAの量は,分離された全DNA量に基づいて現在推定されている。この方法は試料の混合性により細菌DNA量を誤計算でき,ライブラリー調製はしばしば信頼できない。信頼できる16SリボソームDNA(16S rDNA)ライブラリー調製とハイスループット配列決定(HTS)のための混合試料中の細菌DNAを正確に,特異的に定量できるアッセイを開発した。qPCR法を普遍的16S rDNAプライマーを用いて最適化し,市販の細菌群集DNA標準を用いて正確な標準曲線を開発した。qPCR最適化後,唾液,膣および月経分泌物,尿および糞便からの16S rDNAライブラリーを増幅し,種々のDNA濃度で評価した。成功したHTSデータは,細菌DNAの20pgの低さで発生した。細菌DNA量の変化は主な細菌分類群の相対存在量に影響しなかったが,マイナー分類群の相対的豊度変化が観察された。微生物DNAの正確な定量は,HTS分析のための一貫した,成功したライブラリー調製をもたらした。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *生体試料 ,  リボソーム ,  *細菌 ,  最適化 ,  定量的PCR法 ,  検量線 ,  *DNA【核酸】 ,  *ヒト
準シソーラス用語： リボソームDNA ,  分類群 ,  細菌群集 ,  16S rDNA ,  ハイスループット ,  *細菌DNA ,  微生物分類 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 16S rDNA ,  体液同定 ,  法科学 ,  ハイスループットシークエンシング ,  ミクロビオーム

分類 (2件)： 電気泳動分析  (CC04017K) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (7件)： ヒト ,  生体試料 ,  HTS ,  ライブラリー ,  調製 ,  細菌DNA ,  定量分析