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J-GLOBAL ID：201802229800221223   整理番号：18A2215092

バイオシミュレータ JL:ジュリアにおける確率シミュレーション【JST・京大機械翻訳】

BioSimulator.jl: Stochastic simulation in Julia

著者 (7件)： Landeros Alfonso (Department of Biomathematics, David Geffen School of Medicine at UCLA, USA) ,  Stutz Timothy (Department of Biomathematics, David Geffen School of Medicine at UCLA, USA) ,  Keys Kevin L. (Department of Medicine, University of California, San Francisco, CA, USA) ,  Alekseyenko Alexander (Department of Public Health Sciences, Medical University of South Carolina, USA) ,  Sinsheimer Janet S. (Department of Human Genetics, David Geffen School of Medicine at UCLA, USA) ,  Lange Kenneth (Department of Biomathematics, David Geffen School of Medicine at UCLA, USA) ,  Sehl Mary E. (Department of Biomathematics, David Geffen School of Medicine at UCLA, USA)
資料名： Computer Methods and Programs in Biomedicine  (Computer Methods and Programs in Biomedicine)
巻： 167  ページ： 23-35  発行年： 2018年 
JST資料番号： D0213C  ISSN： 0169-2607  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アイルランド (IRL)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景と目的:絡み合ったフィードバックループを持つ生物学的システムは,数学的モデリング努力への挑戦をもたらす。さらに,突然変異や絶滅のようなまれなイベントはシステムダイナミックスを複雑にする。確率的シミュレーションアルゴリズムは,それらがランダム変動の影響を適切に捕捉し,まれなイベントを定量化することができるので,これらのシステムに対する時間発展軌跡の生成に有用である。Gillespieアルゴリズム,τ-leaping,および関連確率論的シミュレーションアルゴリズムを実行するために,簡単で柔軟なパッケージ,BioSimulator,jlを提示した。本研究の目的は,高速でユーザに優しいシミュレーションツールを持つドメインを横断する科学者を提供することである。方法:科学計算に重点を置いて,高性能プログラミング言語Juliaを使用した。著者らのソフトウェアパッケージはMarkov連鎖理論に基づく一連の確率的シミュレーションアルゴリズムを実装した。著者らは,(a)相互作用を記述するダイアグラムPetriネット,(b)プロット平均軌跡および時間にわたる各参加種の付着標準偏差を提供し,(c)特定の時間における各種の頻度分布を生成する。【結果】:バイオシミュレータjlのインタフェイスは,ユーザがJuliaの中でプログラム的にモデルを構築することを可能にする。次に,シミュレーションデータを生成するために,モデルをシミュレートルーチンに通過させた。組み込まれたツールは,結果を可視化し,要約統計を計算することを可能にする。著者らの例は,生態学,システム生物学,化学,および遺伝学から複雑さを変化させるシステムへのソフトウェアの広い適用性を強調する。結論:バイオシミュレータのユーザに優しい性質は,確率的シミュレーションの使用を奨励し,面倒なプログラミング努力を最小化し,モデル仕様の間の誤差を減少させる。Copyright 2019 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 軌跡 ,  モデル ,  相互作用 ,  プログラミング言語 ,  *シミュレーション ,  *シミュレータ ,  突然変異 ,  プログラムパッケージ ,  確率論 ,  計算機シミュレーション ,  可視化 ,  ソフトウェア ,  インタフェイス ,  Markov連鎖 ,  生態学 ,  アルゴリズム

著者キーワード (5件)： 確率シミュレーション ,  Gillespieアルゴリズム ,  τ飛躍 ,  システム生物学 ,  Julia言語

分類 (3件)： 医用情報処理  (JE15030Q) ,  計算機システム開発  (JD02010R) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (2件)： シミュレータ ,  確率シミュレーション