文献

J-GLOBAL ID：201802230248541547   整理番号：18A1293117

Bacillus licheniformis DW2のゲノムとトランスクリプトーム配列決定によるABRBノックアウト効果の分析【JST・京大機械翻訳】

Analyzing AbrB-Knockout Effects through Genome and Transcriptome Sequencing of Bacillus licheniformis DW2

著者 (7件)： Shu Cheng-Cheng (Agricultural Bioinformatics Key Laboratory of Hubei Province, College of Informatics, Huazhong Agricultural University) ,  Wang Dong (State Key Laboratory of Agricultural Microbiology, College of Life Science and Technology, Huazhong Agricultural University) ,  Guo Jing (Agricultural Bioinformatics Key Laboratory of Hubei Province, College of Informatics, Huazhong Agricultural University) ,  Song Jia-Ming (Agricultural Bioinformatics Key Laboratory of Hubei Province, College of Informatics, Huazhong Agricultural University) ,  Chen Shou-Wen (State Key Laboratory of Agricultural Microbiology, College of Life Science and Technology, Huazhong Agricultural University) ,  Chen Ling-Ling (Agricultural Bioinformatics Key Laboratory of Hubei Province, College of Informatics, Huazhong Agricultural University) ,  Gao Jun-Xiang (Agricultural Bioinformatics Key Laboratory of Hubei Province, College of Informatics, Huazhong Agricultural University)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 9  ページ： 307  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 工業的細菌として,Bacillus licheniformis DW2は多くの病原性微生物に対する重要な抗生物質であるバシトラシンを生産する。著者らの以前の研究は,AbrBノックアウトがバシトラシンの生産を有意に増加させることを示した。従って,そのゲノムの特徴,野生とAbrBノックアウト(ΔAbrB)株間の発現差,及びバシトラシン生合成の調節を理解することは意味があった。ここでは,著者らはそのゲノムを配列決定し,de novo集合し,3つの増殖期におけるトランスクリプトームを配列決定した。DW2のゲノムは,45.93%のGC含有量と4,717の蛋白質コード遺伝子を有する4468,952bpのDNA分子を含んだ。トランスクリプトーム読み取りを組み立てたゲノムにマッピングし,異なる試料から4,102~4,536の発現遺伝子を得た。B.licheniformis DW2における転写変化を調べ,ΔAbrBが異なる増殖期において数百の遺伝子アップレギュレーションとダウンレギュレーションを引き起こすことを示した。著者らは,bacABC,bcrABC,およびBacTの位置と長さ,ならびにそれらの配列を含む完全なバシトラシン合成酵素遺伝子クラスタを同定した。遺伝子クラスターbcrABCはΔAbrB株において有意にアップレギュレーションされ,自己中毒を回避するために細胞外のbcrABC輸送バシトラシンの以前の研究における仮説を支持し,ΔAbrBがより多くのバシトラシンを産生できるという以前の実験結果と一致した。本研究はB.licheniformis DW2に対する高品質参照ゲノムを提供し,トランスクリプトームデータは2つの系統を通して全体的変化を表し,3つの相は遺伝子発現を通してAbrB調節とバシトラシン生合成の理解を提供した。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 抗生物質 ,  遺伝子発現 ,  *トランスクリプトーム ,  *Bacillus licheniformis ,  *桿菌属 ,  アップレギュレーション ,  *ゲノム ,  生合成 ,  タンパク質 ,  DNA【核酸】 ,  ダウンレギュレーション ,  遺伝子
準シソーラス用語： 遺伝子クラスタ ,  増殖期 ,  バシトラシン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Bacillus licheniformis ,  参照ゲノム ,  トランスクリプトーム ,  ABRBノックアウト ,  異なる発現遺伝子 ,  バシトラシン生合成

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (5件)： Bacillus ,  ゲノム ,  トランスクリプトーム ,  ノックアウト ,  分析