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J-GLOBAL ID：201802231416766897   整理番号：18A0724412

癌ゲノムアトラスを越えたDNA損傷修復欠損のゲノムおよび分子景観【JST・京大機械翻訳】

Genomic and Molecular Landscape of DNA Damage Repair Deficiency across The Cancer Genome Atlas

著者 (46件)： Knijnenburg Theo A. (Institute for Systems Biology, Seattle, WA 98109, USA) ,  Wang Linghua (Department of Genomic Medicine, Division of Cancer Medicine, University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX 77054, USA) ,  Wang Linghua (Human Genome Sequencing Center, Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA) ,  Zimmermann Michael T. (Genomic Sciences and Precision Medicine Center, Medical College of Wisconsin, 8701 Watertown Plank Road, Milwaukee, WI 53226-0509, USA) ,  Zimmermann Michael T. (Department of Health Sciences Research, Mayo Clinic College of Medicine, 200 First Street SW, Rochester, MN 55905, USA) ,  Chambwe Nyasha (Institute for Systems Biology, Seattle, WA 98109, USA) ,  Gao Galen F. (The Eli and Edythe L. Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard University, Cambridge, MA 02142, USA) ,  Cherniack Andrew D. (The Eli and Edythe L. Broad Institute of Massachusetts Institute of Technology and Harvard University, Cambridge, MA 02142, USA) ,  Fan Huihui (Center for Epigenetics, Van Andel Research Institute, Grand Rapids, MI 49503, USA) ,  Shen Hui (Center for Epigenetics, Van Andel Research Institute, Grand Rapids, MI 49503, USA) ,  Way Gregory P. (Department of Systems Pharmacology and Translational Therapeutics, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA 19103, USA) ,  Greene Casey S. (Department of Systems Pharmacology and Translational Therapeutics, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA 19103, USA) ,  Liu Yuexin (Department of Bioinformatics and Computational Biology, University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX 77030, USA) ,  Akbani Rehan (Department of Bioinformatics and Computational Biology, University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX 77030, USA) ,  Feng Bin (TESARO Inc., Waltham, MA 02451, USA) ,  Donehower Lawrence A. (Department of Molecular Virology and Microbiology, Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA) ,  Miller Chase (Human Genome Sequencing Center, Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA) ,  Shen Yang (Department of Electrical and Computer Engineering, 3128 TAMU, Texas A&M University, College Station, TX 77843, USA) ,  Karimi Mostafa (Department of Electrical and Computer Engineering, 3128 TAMU, Texas A&M University, College Station, TX 77843, USA) ,  Chen Haoran (Department of Electrical and Computer Engineering, 3128 TAMU, Texas A&M University, College Station, TX 77843, USA) ,  Kim Pora (Center for Precision Health, School of Biomedical Informatics, University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, TX 77030, USA) ,  Jia Peilin (Center for Precision Health, School of Biomedical Informatics, University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, TX 77030, USA) ,  Shinbrot Eve (Human Genome Sequencing Center, Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA) ,  Zhang Shaojun (Department of Genomic Medicine, Division of Cancer Medicine, University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX 77054, USA) ,  Liu Jianfang (Chan Soon-Shiong Institute of Molecular Medicine at Windber, Windber, PA 15963, USA) ,  Hu Hai (Chan Soon-Shiong Institute of Molecular Medicine at Windber, Windber, PA 15963, USA) ,  Bailey Matthew H. (Division of Oncology, Department of Medicine, Washington University, St. Louis, MO 63110, USA) ,  Bailey Matthew H. (McDonnell Genome Institute, Washington University, St. Louis, MO 63110, USA) ,  Yau Christina (University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94115, USA) ,  Yau Christina (Buck Institute for Research on Aging, Novato, CA 94945, USA) ,  Wolf Denise (University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94115, USA) ,  Zhao Zhongming (Center for Precision Health, School of Biomedical Informatics, University of Texas Health Science Center at Houston, Houston, TX 77030, USA) ,  Weinstein John N. (Department of Bioinformatics and Computational Biology, University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX 77030, USA) ,  Li Lei (Department of Experimental Radiation Oncology, University of Texas MD Anderson Cancer, Houston, TX 77030, USA) ,  Ding Li (Division of Oncology, Department of Medicine, Washington University, St. Louis, MO 63110, USA) ,  Ding Li (McDonnell Genome Institute, Washington University, St. Louis, MO 63110, USA) ,  Ding Li (Department of Genetics, Washington University, St. Louis, MO 63110, USA) ,  Ding Li (Siteman Cancer Center, Washington University, St. Louis, MO 63110, USA) ,  Mills Gordon B. (Department of Systems Biology, University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX 77030, USA) ,  Laird Peter W. (Center for Epigenetics, Van Andel Research Institute, Grand Rapids, MI 49503, USA) ,  Wheeler David A. (Human Genome Sequencing Center, Baylor College of Medicine, Houston, TX 77030, USA) ,  Shmulevich Ilya (Institute for Systems Biology, Seattle, WA 98109, USA) ,  Monnat Raymond J. (Departments of Pathology & Genome Sciences, University of Washington, Seattle, WA 98195-7705, USA) ,  Xiao Yonghong (TESARO Inc., Waltham, MA 02451, USA) ,  Wang Chen (Department of Health Sciences Research, Mayo Clinic College of Medicine, 200 First Street SW, Rochester, MN 55905, USA) ,  Wang Chen (Department of Obstetrics and Gynecology, Mayo Clinic College of Medicine, 200 First Street SW, Rochester, MN 55905, USA)
資料名： Cell Reports  (Cell Reports)
巻： 23  号： 1  ページ： 239-254.e6  発行年： 2018年 
JST資料番号： W3124A  ISSN： 2211-1247  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNA損傷修復(DDR)経路は,癌リスク,進行および治療反応を調節する。33の癌型にわたるDDR欠損の包括的見解を提供するために体細胞変化を系統的に分析した。ヘテロ接合性の消失を伴う突然変異は,TP53およびBRCA1/2を含むDDR遺伝子の1/3以上で観察された。他の一般的な変化は,直接修復遺伝子EXO5,MGMTおよびALKBH3の後成的サイレンシングを含んでいた。相同組換え欠損(HRD)は,多くの癌型,最も顕著な卵巣癌において様々な頻度で存在した。しかし,卵巣癌とは対照的に,HRDはいくつかの他の癌におけるより悪い結果と関連していた。蛋白質構造に基づく分析により,稀な再発性DDR突然変異の機能的結果を予測することができた。遺伝子発現データから開発した新しい機械学習に基づく分類器は,有害なTP53変異を表現する変化を同定することを可能にした。多くのヒト癌におけるこれらの頻繁なDDR遺伝子変化は,癌進行およびガイド療法を決定する可能性がある機能的結果を有する。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ゲノム ,  体細胞 ,  再発 ,  *DNA損傷 ,  治療法 ,  遺伝子サイレンシング ,  突然変異 ,  ヒト ,  遺伝子 ,  機械学習 ,  卵巣腫瘍 ,  相同組換
準シソーラス用語： 腫瘍進行 ,  TP53 ,  ヘテロ接合性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (9件)： 癌ゲノムアトラス PancanATLASプロジェクト ,  DNA損傷修復 ,  体細胞突然変異 ,  体細胞コピー数の変化 ,  エピジェネティックなサイレンシング ,  DNA損傷フットプリント ,  突然変異署名 ,  統合統計解析 ,  蛋白質構造解析

分類 (2件)： 腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (8件)： 癌ゲノム ,  アトラス ,  DNA損傷 ,  修復 ,  欠損 ,  ゲノム ,  分子 ,  景観