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J-GLOBAL ID：201802231511117327   整理番号：18A1295541

非生物的ストレスは選択的スプライシング,異なるイントロン保持及びイソ型比率スイッチングを介してポプラトランスクリプトームの景観を調節する【JST・京大機械翻訳】

Abiotic Stresses Modulate Landscape of Poplar Transcriptome via Alternative Splicing, Differential Intron Retention, and Isoform Ratio Switching

著者 (8件)： Filichkin Sergei A. (Department of Botany and Plant Pathology, Oregon State University) ,  Hamilton Michael (Department of Computer Science, Colorado State University) ,  Dharmawardhana Palitha D. (Department of Botany and Plant Pathology, Oregon State University) ,  Singh Sunil K. (Department of Botany and Plant Pathology, Oregon State University) ,  Sullivan Christopher (Center for Genome Research and Biocomputing, Oregon State University) ,  Ben-Hur Asa (Department of Computer Science, Colorado State University) ,  Reddy Anireddy S. N. (Department of Biology and Program in Cell and Molecular Biology, Colorado State University) ,  Jaiswal Pankaj (Department of Botany and Plant Pathology, Oregon State University)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 9  ページ： 5  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 非生物的ストレスは植物生理,発育,成長に影響し,プレmRNAスプライシングを変化させる。西ポプラはモデル木質樹木と潜在的バイオエネルギー供給原料である。ストレス制御代替スプライシング(AS)の程度を調べるために,干ばつ,塩または温度ストレス下での葉,根および幹木部トランスクリプトームの徹底的調査を行った。組織またはストレス特異的ライブラリーからのゲノム配列RNA-Seq読み取りの約10億の分析は,15百万以上の新規スプライス接合を明らかにした。RNA-Seq及び単一分子イソ型配列決定(Iso-Seq)データにより支持された転写物モデルは,新規ストレス及び/又は組織特異的イソ型の広い配列を明らかにした。Iso-Seqデータの解析も,164がASを示す15087の新規転写領域の発見をもたらした。著者らの知見は,非生物的ストレスが転写産物アイソフォームプロファイルを大きく混乱させ,広範なイントロン保持(IR)イベントを誘発することを示す。ストレス処理はしばしば特異的イントロンの保持を増加させるか減少させた。多くの差次的に保持されたイントロンは,ストレスおよび/または組織特異的に調節された。超ストレス応答性DIR事象を持つ転写産物のサブセットは,すべての処理と組織型にわたってIRの程度における持続的変動を示した。本研究においてイントロン含有転写物の協調動力学を調べるために,Droplet Digital PCRを用いて2つの保存転写因子(TF)のイソ型の絶対コピー数を定量した。この事例研究は,ストレス処理が完全スプライシングとイントロン保持アイソフォーム間の相対比における協調スイッチと関連し,非生物ストレスへのトランスクリプトーム調節に役割を果たす可能性を示唆した。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： RNA【核酸】 ,  干ばつ ,  植物生理 ,  *ハコヤナギ属 ,  生物エネルギー ,  リグニン ,  *イントロン ,  転写因子 ,  *選択的スプライシング ,  *トランスクリプトーム ,  木部
準シソーラス用語： ストレス応答 ,  転写産物 ,  *アイソフォーム ,  *非生物的ストレス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 西ポプラ ,  トランスクリプトーム ,  選択的スプライシング ,  非生物的ストレス ,  アイソフォームスイッチング ,  異なるイントロン保持 ,  ストレス適応

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (10件)： 非生物的ストレス ,  選択的スプライシング ,  イントロン ,  イソ型 ,  比率 ,  スイッチング ,  ポプラ ,  トランスクリプトーム ,  景観 ,  調節