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J-GLOBAL ID：201802232380879324   整理番号：18A0166643

ヒト表現型オントロジーを充実させるための新しい同義語置換法

A new synonym-substitution method to enrich the human phenotype ontology

著者 (4件)： TABOADA Maria (Univ. Santiago de Compostela, Santiago de Compostela, ESP) ,  RODRIGUEZ Hadriana (Univ. Santiago de Compostela, Santiago de Compostela, ESP) ,  GUDIVADA Ranga C. (CareCentrix, Hartford, USA) ,  MARTINEZ Diego (Univ. Santiago de Compostela, Santiago de Compostela, ESP)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Oct  ページ： 18:446 (WEB ONLY)  発行年： 2017年10月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:名前付きエンティティ認識(固有名詞抽出)は,幅広い異なる用語でラベル付けされたエンティティを見つけるのは珍しいことではない生物医学テキストマイニングにとって重要である。今日,オントロジーは,生物情報学における重要な実現可能技術の1つであり,自然言語処理タスクの改善のためのリソースを提供している。しかし,生物医学的なオントロジーベースの名前付き実体エンティティは,依然として主要な研究課題である。結果:本研究では,新しい同義語を用いてヒト表現型オントロジー(HPO)を充実させる自動同義語置換法を開発した。このアプローチは,主に用語の字句特性とオントロジーの階層構造の両方に基づいている。用語とその子孫用語との間の字句の違いを走査することによって,この方法は子孫用語の同義語を生成するために新しい名前と修飾語を学習することができる。MEDLINEの正確な語句を検索することにより,この方法は,非論理的な候補同義語を自動的に除外することができる。合計で745の新しい用語を特定した。これらの用語は,ゴールドスタンダードコーパス上の概念アノテーションと,遺伝性疾患に関する抄録集の文書検索によって間接的に評価した。ゴールドスタンダードコーパスでのF-尺度の性能において中程度の改善が観察された。さらに,遺伝性疾患に関する抄録が6%多く抽出され,高度に情報的な概念のみが考慮された場合,この割合は33%高かった。結論:HPO階層構造を利用する同義語置換手順は,用語の信頼性の高い自動拡張に適している。本結果は,生成された同義語が,主に非常に情報に富むHPO用語に対応する同義語である概念認識に正の影響を与えることを示している。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *ヒト ,  *表現型 ,  *オントロジー ,  同義語 ,  データ ,  *情報抽出 ,  *データマイニング ,  情報科学 ,  生物学 ,  自然言語処理 ,  階層構造 ,  MEDLINE ,  アノテーション ,  遺伝病
準シソーラス用語： 遺伝子オントロジー ,  エンティティ ,  *固有名詞抽出 ,  *生物医学テキストマイニング ,  生物情報学 ,  遺伝性疾患 ,  同義語置換

分類 (4件)： 生物科学研究法一般  (EA03010K) ,  遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： ヒト ,  表現型 ,  オントロジー ,  同義語 ,  置換法