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J-GLOBAL ID：201802232448772426   整理番号：18A1813090

MM/3D-RISMへの配位子明示水分子間の直接相互作用の効果を組み込む試み【JST・京大機械翻訳】

An attempt to incorporate effect of direct interaction between a ligand and explicit water molecules into MM/3D-RISM

著者 (1件)： Gohda Keigo (Computer-aided Molecular Modeling Research Center, Kansai (CAMM-Kansai), Nishinomiya, Japan)
資料名： Chemical Biology & Drug Design  (Chemical Biology & Drug Design)
巻： 92  号： 4  ページ： 1788-1800  発行年： 2018年 
JST資料番号： A1436A  ISSN： 1747-0277  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 連続溶媒モデルを用いた終点法は,蛋白質-リガンド親和性を推定するために広く用いられている。最近開発された方法,MM/3D-RISMは,3D-RISMによる統計力学を用いて溶媒和エネルギーを推定する。この方法は溶媒和効果を正確に記述し,蛋白質-配位子系にあまり依存しないことが理論的に期待される。本研究では,3つの多様な化学足場を含む,非同系の一連のリガンドを有するα-トロンビン阻害剤のセットに対するMM/3D-RISMの性能を調べた。標準MM/3D-RISMは弱い相関(R2=0.191)を示したが,3つの足場の2つに対する親和性を正しく推定した。しかし,最も単純な阻害剤,ベンズアミジンは適切にランク付けされなかった。阻害剤結合モードの目視検査から,リガンド水分子とMM/3D-RISMの間の直接相互作用を組み込む試みを行った。蛋白質(R)-リガンド(L)複合体形成の独立成分として直接相互作用する水分子(Wat)を扱うモデル(Model-1)は,標準MM/3D-RISMモデルのそれより良好な直線性(R2=0.422)を示し,α-トロンビン阻害剤の3つの足場すべての良好なランキングを達成した。さらに,阻害剤の一般的なシリーズを用いてアビジン-ビオチン系をモデル化する試みを行い,その結果は,標準的なMM/3D-RISMモデル(R2=0.839)とモデル-1(R2=0.695)の両方が親和性を満足に推定することを示した。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 抗トロンビン ,  溶媒和 ,  *水分子 ,  モデリング ,  アビジン ,  *相互作用 ,  *三次元 ,  肉眼検査 ,  複合体 ,  等級づけ ,  親和性 ,  線形性 ,  芳香族カルボン酸
準シソーラス用語： 阻害剤 ,  エンドポイント , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 連続体-溶媒終点法 ,  MM/3D-RISM ,  蛋白質-リガンド親和性評価 ,  水の相互作用

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子構造  (EB03020Y)

物質索引 (1件)： ベンズアミジン

タイトルに関連する用語 (4件)： 3D ,  配位子 ,  水分子 ,  試み