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J-GLOBAL ID：201802233601649161   整理番号：18A1508037

長い読み取り配列データによるメチル化パターンのモデリング【JST・京大機械翻訳】

Modeling Methylation Patterns with Long Read Sequencing Data

著者 (2件)： Meyer Karlene Nicole (Georgetown University, Washington, DC) ,  Lacey Michelle R. (Tulane University, New Orleans, LA)
資料名： IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics  (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics)
巻： 15  号： 4  ページ： 1379-1389  発行年： 2018年 
JST資料番号： W1409A  ISSN： 1545-5963  CODEN： ITCBCY  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： CpGジヌクレオチドにおけるシトシンメチル化の変化はゲノム領域でしばしば観察され,分析は典型的に与えられた領域で観察されるメチル化部位の割合を推定し,試料を通してこれらのレベルを比較し,関心のある条件との関連を決定する。個々の分子メチル化パターンのレベルで観察されたとき,サイトは独立して暗黙的に処理されるが,局所的空間依存性の強い証拠を示す。著者らは以前に,卵巣癌の収集における2つの縦列反復領域で観察された相関とクラスタ化挙動を説明するための隣接サイトモデルを開発した。ここでは,de novoメチル化および脱メチル化速度におけるサイト間の距離および非対称相関の影響を説明するモデルの拡張を紹介した。著者らのモデルを,21~67サイト間にわたるCpG高密度領域の選択に対するモデルパラメータを推定し,長い読み取りを用いた全ゲノム重亜硫酸塩基配列決定実験から公表されたデータに適用した。著者らの方法は,サイト間距離の関数として局所空間相関の証拠を検出し,後成的研究における長い読み取り配列データを採用する付加価値を実証した。Copyright 2018 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *メチル化 ,  空間依存性 ,  付加価値 ,  *モデリング ,  ゲノム ,  脱メチル ,  非対称性 ,  ジヌクレオチド ,  亜硫酸水素塩 ,  卵巣腫瘍 ,  クラスタ化
準シソーラス用語： 空間相関 ,  モデルパラメータ ,  シトシンメチル化 ,  CpG , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 数値計算  (JE02000J) ,  パターン認識  (JE07000S) ,  音響信号処理  (BB03050C)

タイトルに関連する用語 (3件)： 読み取り ,  メチル化 ,  モデリング