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J-GLOBAL ID：201802233782849667   整理番号：18A0325365

粗粒分子力学力の場を用いた動力学からの蛋白質機能を推測するためのパイプライン【Powered by NICT】

Pipeline for inferring protein function from dynamics using coarse-grained molecular mechanics forcefield

著者 (3件)： Bhadra Pratiti (Institute Mathematics Initiative, Indian Institute of Science, Bengaluru 560012, India) ,  Pal Debnath (Institute Mathematics Initiative, Indian Institute of Science, Bengaluru 560012, India) ,  Pal Debnath (Computational and Data Sciences, Indian Institute of Science, Bengaluru 560012, India)
資料名： Computers in Biology and Medicine  (Computers in Biology and Medicine)
巻： 83  ページ： 134-142  発行年： 2017年 
JST資料番号： E0858A  ISSN： 0010-4825  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 動力学は蛋白質の機能に積分法として分子動力学(MD)シミュレーションの使用は分子機能推論のための探求中である。新規蛋白質は限られた進化情報で決定したこれは,ゲノミクスプロジェクトとの関連で,より重要である。最近著者らは,粗視化(CG)MDトラジェクトリーから得た残余物変動グラフと自己相関ベクトルの解析を組み合わせた新しい手法を用いて機能を推定するために問題となる蛋白質の柔軟なセグメントを整合させる方法を開発した。法は3%の蛋白質間の配列相同性を持つ多様なデータセット上で検証し,高い機能再現率であった。ここでは公的にアクセス可能なWebサービス,DynFunc(機能のための動的整合)は,蛋白質サブユニットの≧1μs長CG動力学トラジェクトリー情報から蛋白質機能を質問にとしてその実用化を共有する。ユーザに関心のある蛋白質のMDトラジェクトリーを生成するために特別に開発した粗視化分子力学(CGMM)力場を備えている。軌道情報のアップロード,DynFunc Webサーバは,推定上の分子機能に関連した蛋白質の特異的柔軟領域を同定した。構造情報を使用できる場合はいつでも著者らのユニークな応用はMD情報から分子機能を推論するための進化情報を使用せず,従って,全蛋白質,ムーンライトと新規を含む,に対して適用可能である。パイプラインである新規蛋白質で作動する全ての構造生物学者にとって有用でことが期待され,月光機能に興味を持っている。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： サブユニット ,  ベクトル ,  *タンパク質 ,  シミュレーション ,  積分 ,  自己相関 ,  トラジェクトリー ,  分子動力学 ,  データベース ,  *力の場 ,  *分子内力学 ,  Web【情報システム】
準シソーラス用語： 構造生物学 ,  粗視化 ,  *蛋白質機能 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： シミュレーション ,  分子機能 ,  Dynamics ,  力の場 ,  データベース

分類 (2件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (7件)： 粗粒 ,  分子力学 ,  力の場 ,  動力学 ,  蛋白質機能 ,  推測 ,  パイプライン