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J-GLOBAL ID：201802233790440789   整理番号：18A0965481

染色体ソーティングと次世代シークエンシングによるHaynaldia villosaの染色体腕4対に特異的なイントロン標的化(IT)マーカーの開発【JST・京大機械翻訳】

Development of intron targeting (IT) markers specific for chromosome arm 4VS of Haynaldia villosa by chromosome sorting and next-generation sequencing

著者 (11件)： Wang Haiyan (State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Cytogenetics Institute, Nanjing Agricultural University/JCIC-MCP, Nanjing, China) ,  Dai Keli (State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Cytogenetics Institute, Nanjing Agricultural University/JCIC-MCP, Nanjing, China) ,  Xiao Jin (State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Cytogenetics Institute, Nanjing Agricultural University/JCIC-MCP, Nanjing, China) ,  Yuan Chunxia (State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Cytogenetics Institute, Nanjing Agricultural University/JCIC-MCP, Nanjing, China) ,  Zhao Renhui (State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Cytogenetics Institute, Nanjing Agricultural University/JCIC-MCP, Nanjing, China) ,  Dolezel Jaroslav (Institute of Experimental Botany, Centre of the Hana Region for Biotechnological and Agricultural Research, Olomouc, Czech Republic) ,  Wu Yufeng (State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Cytogenetics Institute, Nanjing Agricultural University/JCIC-MCP, Nanjing, China) ,  Cao Aizhong (State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Cytogenetics Institute, Nanjing Agricultural University/JCIC-MCP, Nanjing, China) ,  Chen Peidu (State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Cytogenetics Institute, Nanjing Agricultural University/JCIC-MCP, Nanjing, China) ,  Zhang Shouzhong (State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Cytogenetics Institute, Nanjing Agricultural University/JCIC-MCP, Nanjing, China) ,  Wang Xiue (State Key Laboratory of Crop Genetics and Germplasm Enhancement, Cytogenetics Institute, Nanjing Agricultural University/JCIC-MCP, Nanjing, China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 167  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】Haynaldia villosa(L.)Schur(syn)。Dasypyrum villosum L. Candargy,2n=14,ゲノムVVはコムギの三次遺伝子プールであり,コムギ改良のための遺伝子の潜在的資源である。一方,H.villosaの染色体4V(4VS)の短腕において,コムギ黄色モザイク(WYM)耐性遺伝子Wss1と全耐性遺伝子が同定された。標的遺伝子を利用する目的で,4VS染色体腕上に遺伝子導入を得た。しかしながら,これらの遺伝子移入のモニタリングは,特異的マーカーの欠如によって反映されるように,H.villosaゲノムに関する不十分な知識のために,ダウニング作業であった。【結果】本研究は,染色体選別と次世代配列決定の組合せによって4VS特異的マーカーを開発することを目的とした。H.villosaの染色体4VSの短腕を,FACSVantage SEフローサイトメーターと選別器を用いてフローソートし,次に,Illina配列決定により配列決定した。H.villosa 4VSの配列をソフトウェアヘクトによって組み立て,次に,H.villosaの染色体4VS上のエキソン-エキソン結合を同定し,イントロンを局在化する目的で,コムギ染色体腕4AL,4BSおよび4DSおよびAe.tauschii4DSの配列集合と比較した。H.villosaプライマーの設計に適したイントロン長多型を基準で評価した。結果として,全部で359のイントロン標的(IT)マーカーを設計し,そのうち232(64.62%)マーカーはコムギ背景における4VSクロマチンの追跡に特異的であった。【結論】H.villosaの4VSに対する特異的ITマーカーを開発するための染色体選別と次世代配列決定の組合せは,高い成功率と特異性を有し,したがって,コムギ育種における外来クロマチンのための染色体特異的マーカーの開発に適用できる。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子導入 ,  *イントロン ,  *ターゲティング ,  遺伝子 ,  クロマチン ,  育種 ,  *染色体 ,  コムギ
準シソーラス用語： 分子マーカー ,  特異性 ,  局在化 ,  標的遺伝子 ,  耐性遺伝子 ,  遺伝子プール ,  *次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Triticum aestivum ,  Haynaldia villosa ,  分子マーカー ,  イントロン多型

分類 (3件)： 麦  (FC03033M) ,  遺伝子操作  (EC02050B) ,  作物の品種改良  (FC02030G)

引用文献 (37件)：

• J Exp Bot; Use of wild relatives to improve salt tolerance in wheat; TD Colmer, TJ Flowers, R Munns; 57; 5; 2006; 1059-1078; 10.1093/jxb/erj124; CR1;
• Euphytica; Characterization of wheat-alien translocations conferring resistance to diseases and pests: Current status; B Friebe, J Jiang, WJ Raupp, RA McIntosh, BS Gill; 91; 1; 1996; 59-87.3; 10.1007/BF00035277; CR2;
• Triebe B, Mukai Y, Dhaliwal HS, Martin TJ, Gill BS. Identification of alien chromatin specifying resistance to wheat streak mosaic and greenbug in wheat germ plasm by C-banding and insitu hybridization. Theor Appl Genet. 1991;81(3):381-89.
• Lukaszewski AJ, Lapinski B, Rybka K. Limitations of in situ hybridization with total genomic DNA in routine screening for alien introgressions in wheat. Cytogenet Genome Res. 2005;109(1-3):373-77.
• Mol Biol Evol; Rare variant alleles in the light of the neutral theory; M Kimura; 1; 1; 1983; 84-93; CR5;

タイトルに関連する用語 (8件)： 染色体 ,  ソーティング ,  次世代シークエンシング ,  イントロン ,  標的化 ,  IT ,  マーカー ,  開発