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J-GLOBAL ID：201802233872846409   整理番号：18A1611784

無脊椎動物群集サンプルにおける正確なバイオマス推定のためのアンプリコンおよびショットガンシークエンシングの性能【JST・京大機械翻訳】

Performance of amplicon and shotgun sequencing for accurate biomass estimation in invertebrate community samples

著者 (14件)： Bista Iliana (School of Biological Sciences, Molecular Ecology and Fisheries Genetics Laboratory, Bangor University, Bangor, UK) ,  Bista Iliana (Wellcome Trust Sanger Institute, Hinxton, Cambridgeshire, UK) ,  Carvalho Gary R. (School of Biological Sciences, Molecular Ecology and Fisheries Genetics Laboratory, Bangor University, Bangor, UK) ,  Tang Min (Department of Entomology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Walsh Kerry (Environment Agency, Horizon House, Bristol, UK) ,  Zhou Xin (Department of Entomology, China Agricultural University, Beijing, China) ,  Hajibabaei Mehrdad (Department of Integrative Biology & Biodiversity Institute of Ontario, University of Guelph, Guelph, Ontario, Canada) ,  Shokralla Shadi (Department of Integrative Biology & Biodiversity Institute of Ontario, University of Guelph, Guelph, Ontario, Canada) ,  Seymour Mathew (School of Biological Sciences, Molecular Ecology and Fisheries Genetics Laboratory, Bangor University, Bangor, UK) ,  Bradley David (APEM LTD, Stockport, Cheshire, UK) ,  Liu Shanlin (Natural History Museum of Denmark, Copenhagen, Denmark) ,  Liu Shanlin (BGI-Shenzhen, Shenzhen, China) ,  Christmas Martin (Environment Agency, Horizon House, Bristol, UK) ,  Creer Simon (School of Biological Sciences, Molecular Ecology and Fisheries Genetics Laboratory, Bangor University, Bangor, UK)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 18  号： 5  ページ： 1020-1034  発行年： 2018年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAとRNA配列決定の新しい応用は,生物多様性発見と生態学的モニタリングの分野を拡大しているが,精度と効率に関してまだ疑問が残っている。プライマーバイアスにより,バルクコミュニティからの異なる分類群のバイオマスを正確に表現するための代謝コード化の能力は不明のままであるが,PCRフリー全ミトコンドリアゲノム(ミトゲノム)配列決定はより信頼できる代替法を提供する可能性がある。ここでは,推定された個々のバイオマスの13種の淡水大型無脊椎動物から成る一連の記録されたモックコミュニティを用いて,COI代謝コード化(3つの異なるアンプリコン)とショットガンミトゲノム配列決定の検出効率を比較した。さらに,個々のCOIバーコード化およびde novoミトコンドリアゲノム配列決定を用いて,OTU割当およびメタゲノムマッピング(ミトゲノムスキミング)のための参照配列をそれぞれ提供した。著者らは,両方の方法が非常に低い豊度種を回復することができなかったにもかかわらず,おそらくプライマーバイアスにより,より高い豊度を持ついくつかの種を回復することにより,代謝コード化は一貫性が低いことを見出した。ショットガン配列決定の結果は,すべての種において,読み取り数とバイオマスの間に非常に有意な相関を与えた。逆に,メタコーディングから得られたリード-バイオマス関係はアンプリコンを横切って変化した。特に,著者らは13(アンプリコンB1FR-450bp,FF130R-130bp)の8つまたは13(アンプリコンFFFR,658bp)種の4つの有意な関係を見出した。すべての3つのCOIアンプリコン(多重アンプリコンアプローチ)の結果を組み合わせることにより,いくつかの種に対する読取-バイオマス相関を改善した。全体として,ミトゲノム配列決定は,代謝コード化よりもバルク大型無脊椎動物群集からのバイオマス含有量のより有益な予測をもたらした。しかしながら,大規模な生態学的研究のために,現在,メタコーディングは多様性評価のために最も一般的に使用されているアプローチのままである。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 生物多様性 ,  バーコード ,  コミュニティ ,  *脊椎動物 ,  バイアス ,  RNA【核酸】 ,  *バイオマス ,  代謝 ,  DNA【核酸】 ,  生態学 ,  *無脊椎動物
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  ミトコンドリアゲノム ,  *配列解析 ,  *アンプリコン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 多様性 ,  バイオマス ,  ゲノムスキミング ,  脊椎動物 ,  メタバーコーディング ,  メタゲノミクス

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 無脊椎動物 ,  群集 ,  サンプル ,  バイオマス ,  推定 ,  アンプリコン