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J-GLOBAL ID：201802234284855208   整理番号：18A0791425

古いL2系統結核菌の比較全ゲノム解析は,新しい系統発生クレードと高毒性株の一般的な遺伝的決定因子を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Comparative Whole-Genomic Analysis of an Ancient L2 Lineage Mycobacterium tuberculosis Reveals a Novel Phylogenetic Clade and Common Genetic Determinants of Hypervirulent Strains

著者 (10件)： Rajwani Rahim (Department of Health Technology and Informatics, The Hong Kong Polytechnic University) ,  Yam Wing Cheong (Department of Microbiology, Li Ka Shing Faculty of Medicine, The University of Hong Kong) ,  Zhang Ying (Department of Molecular Microbiology and Immunology, Bloomberg School of Public Health, Johns Hopkins University) ,  Kang Yu (CAS Key Laboratory of Genome Sciences and Information, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences) ,  Wong Barry Kin Chung (Department of Pathology, United Christian Hospital) ,  Leung Kenneth Siu Sing (Department of Microbiology, Li Ka Shing Faculty of Medicine, The University of Hong Kong) ,  Tam Kingsley King Gee (Department of Microbiology, Li Ka Shing Faculty of Medicine, The University of Hong Kong) ,  Tulu Ketema Tafess (Department of Health Technology and Informatics, The Hong Kong Polytechnic University) ,  Zhu Li (Department of Health Technology and Informatics, The Hong Kong Polytechnic University) ,  Siu Gilman Kit Hang (Department of Health Technology and Informatics, The Hong Kong Polytechnic University)
資料名： Frontiers in Cellular and Infection Microbiology (Web)  (Frontiers in Cellular and Infection Microbiology (Web))
巻： 7  ページ： 539  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7063A  ISSN： 2235-2988  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:結核(TB)に対する改善された治療法の開発は,その原因物質であるMycobacterium tuberculosisの疾患重症度と遺伝的多様性の間の関係の不十分な理解により妨げられている。著者らは以前,肺TBから結核性髄膜炎への攻撃的な疾患進行を伴うHIV陰性患者からの高毒性M.tuberculosis株H112を,結核の最も重篤な症状を分離した。ヒトマクロファージチャレンジ実験により,株H112は,参照毒性株H37Rvおよび他の123臨床分離株よりも有意に良好な細胞内生存性を示し,TNF-αの低レベルを誘導することを示した。目的:本研究は,他の世界的領域で分離された同じ系統発生クレードのH112株と超毒性M.tuberculosis株に共通するマイコバクテリアの病原性の潜在的な遺伝的決定因子を同定することを目的とした。【方法】株H112と同じ系統発生系統(L2)に属する低毒性M.tuberculosis株H54を115の臨床分離株の収集から選択した。H112とH54の両方は,PacBio配列決定技術を用いて全ゲノム配列決定された。比較ゲノミクス法を用いて,H112株に存在する突然変異を同定したが,H54株には存在しなかった。その後,広範な系統発生分析を,すべての公開可能なM.tuberculosisゲノムを含むことにより行った。ゲノムの全体的収集における超毒性株に共通する単一ヌクレオチド多型(SNP)および構造変化(SV)は,高毒性の潜在的遺伝的決定因子と考えられている。結果:配列データは,H112とH54の両方が同じサブ系統L2.2.1のメンバーとして同定されたことを明らかにした。H112とH54の間に共有された系統関連突然変異を除外した後に,M.tuberculosisゲノム(n=4,338)の全体的収集によりH112の系統発生関連性を分析し,地理的に多様な領域から分離した4つの超毒性株を一緒にクラスタ化した新しい系統発生クレードを同定した。クレードにおけるすべての超毒性株は,主要な病原性関連遺伝子座に影響を及ぼす12のSNPと5つのSVs,特に,mce1オペロン内の有害SNP(rv0178p.D150E)とphoPに近い遺伝子間欠失(854259_854261delCC)を含んでいた。結論:本研究は,高毒性M.tuberculosisの新しい系統発生クレードにおける共通の遺伝的因子を同定した。マイコバクテリアの病原性におけるこれらの突然変異の原因となる役割は,将来の研究において検証されるべきである。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： クラスタ化 ,  一塩基多型 ,  *遺伝 ,  *ゲノム ,  臨床分離菌 ,  患者 ,  マクロファージ ,  *系統発生 ,  *毒性 ,  治療法 ,  突然変異 ,  *結核菌 ,  病原性
準シソーラス用語： 系統解析 ,  *クレード , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 結核菌 ,  高毒性 ,  マクロファージ ,  PacBio ,  ラインAGE2 ,  比較ゲノミクス ,  系統発生 ,  病原性

分類 (1件)： 感染症・寄生虫症一般  (GD01010H)

タイトルに関連する用語 (7件)： 結核菌 ,  全ゲノム解析 ,  系統発生 ,  クレード ,  毒性 ,  株 ,  決定因子