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J-GLOBAL ID：201802234364631959   整理番号：18A0975729

1型糖尿病における先天性および適応性免疫遺伝子の転写調節における協調と秩序の研究【JST・京大機械翻訳】

Investigation of coordination and order in transcription regulation of innate and adaptive immunity genes in type 1 diabetes

著者 (8件)： Gao Shouguo (Systems Biology Center, National Heart, Lung and Blood Institute, NIH, Bethesda, USA) ,  Wolanyk Nathaniel (The Department of Physics, University of Alabama at Birmingham, Birmingham, USA) ,  Chen Ye (Systems Biology Center, National Heart, Lung and Blood Institute, NIH, Bethesda, USA) ,  Jia Shuang (Department of Pediatrics at the Medical College of Wisconsin and the Children’s Research Institute of the Children’s Hospital of Wisconsin, The Max McGee National Research Center for Juvenile Diabetes, Milwaukee, USA) ,  Jia Shuang (The Human and Molecular Genetics Center, The Medical College of Wisconsin, Milwaukee, USA) ,  Hessner Martin J. (Department of Pediatrics at the Medical College of Wisconsin and the Children’s Research Institute of the Children’s Hospital of Wisconsin, The Max McGee National Research Center for Juvenile Diabetes, Milwaukee, USA) ,  Hessner Martin J. (The Human and Molecular Genetics Center, The Medical College of Wisconsin, Milwaukee, USA) ,  Wang Xujing (Systems Biology Center, National Heart, Lung and Blood Institute, NIH, Bethesda, USA)
資料名： BMC Medical Genomics (Web)  (BMC Medical Genomics (Web))
巻： 10  号： 1  ページ： 7  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7308A  ISSN： 1755-8794  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:1型糖尿病(T1D)は自己免疫疾患であり,広範な証拠は,疾患発生における免疫系の先天性および適応性腕の両方の重要な役割を示している。今日まで,免疫調節療法のほとんどの臨床試験は,有効性を示すことができなかった。T1Dの多くの遺伝子発現研究を行った。しかしながら,先天性および適応性免疫遺伝子セットの発現変異のシステム分析,または異なる疾患状態または異なる疾患リスクのコホートにおけるそれらの共発現ネットワーク構造は,現在まで利用できない。【方法】非血縁健常対照(uHC),最近の発症T1D患者(RO-T1D),および高い(HRS,高リスクSibing)または低い(LRS,低リスクSibing)リスクHLAハプロタイプを含む4つのコホートからの148人のヒト被験者の血漿に曝露された対照末梢血単核細胞(PBMC)の転写プロファイルを含む大遺伝子発現研究からのデータを利用した。重みづけと非加重共発現ネットワークの両方を別々に各コホートに構築し,既知の蛋白質複合体の端部重量分布と活性化を調べた。先天性および適応性免疫遺伝子の共発現ネットワークを,ネットワーク密度,Shannonエントロピー,h指数および程度分布のスケーリング指数γを含む多数のネットワーク測度を通してさらに詳細に調べた。遺伝子セットの有意なネットワーク構造変化を検出するツールであるCoGaを用いて経路解析を行った。【結果】加重ネットワーク端部分布は,uHCによるそれと比較して,RO-T1Dコホートによって誘発されたグローバルに弱められた共発現ネットワークを明らかにし,転写協調の広いスペクトル損失を示唆した。2つの健康なT1D家族コホート(HRSとLRS)は,全体的により活発で不均一な転写協調を誘導したが,自然と適応免疫遺伝子の両方において,uHCよりも誘導された。この知見は,高い自然炎症状態を共有するこれらのコホートの以前の報告と一致する。RO-T1D血清に対するIL-1RAのスパイクは,先天性および適応性免疫遺伝子の共発現ネットワーク強度を改善し,活性化蛋白質複合体の数を有意に増加させる転写調節における全体的次数回復を可能にした。共発現ネットワーク構造とRO-T1DとuHCの間の順序の有意差を示した多くのトップ経路は,T1Dと強いリンクを有していた。結論:先天性および適応性免疫遺伝子のネットワークレベル分析および全ゲノムは,共発現ネットワーク構造測定において顕著なコホート依存性差異を明らかにし,コホート分類および疾患関連経路同定におけるそれらの可能性を示唆した。結果は,将来の研究における標的を予測するだけでなく,分子シグネチャの定義におけるシステム解析の利点を示した。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 治療法 ,  *1型糖尿病 ,  患者 ,  タンパク質複合体 ,  母集団 ,  *適応性 ,  ゲノム ,  ネットワーク ,  ヒト ,  遺伝子発現 ,  変異 ,  血清 ,  ネットワーク構造 ,  臨床試験
準シソーラス用語： 共発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 共発現ネットワーク ,  ネットワーク構造 ,  転写調節 ,  エントロピー ,  1型糖尿病

分類 (2件)： 代謝異常・栄養性疾患一般  (GD05010J) ,  免疫反応一般  (ED03010T)

引用文献 (55件)：

• Genome Biol; Identification of functional modules that correlate with phenotypic difference: the influence of network topology; JH Hung, TW Whitfield, TH Yang, Z Hu, Z Weng, C DeLisi; 11; 2010; R23; 10.1186/gb-2010-11-2-r23; CR1;
• Genome Biol; Choosing the right path: enhancement of biologically relevant sets of genes or proteins using pathway structure; R Thomas, JM Gohlke, GF Stopper, FM Parham, CJ Portier; 10; 2009; R44; 10.1186/gb-2009-10-4-r44; CR2;
• Proc Natl Acad Sci U S A; Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles; A Subramanian, P Tamayo, VK Mootha, S Mukherjee, BL Ebert, MA Gillette, A Paulovich, SL Pomeroy, TR Golub, ES Lander, JP Mesirov; 102; 43; 2005; 15545-15550; 10.1073/pnas.0506580102; CR3;
• Bioinformatics; Discovering regulatory and signalling circuits in molecular interaction networks; T Ideker, O Ozier, B Schwikowski, AF Siegel; 18; Suppl 1; 2002; S233-S240; 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S233; CR4;
• Bioinformatics; Gene co-expression network topology provides a framework for molecular characterization of cellular state; SL Carter, CM Brechbuhler, M Griffin, AT Bond; 20; 14; 2004; 2242-2250; 10.1093/bioinformatics/bth234; CR5;

タイトルに関連する用語 (7件)： 1型糖尿病 ,  適応性 ,  免疫 ,  遺伝子 ,  転写調節 ,  協調 ,  研究