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J-GLOBAL ID：201802234931757606   整理番号：18A0793151

蛋白質構造の粗粒立体配座サンプリングは実験的水素交換データへの適合を改善する【JST・京大機械翻訳】

Coarse-Grained Conformational Sampling of Protein Structure Improves the Fit to Experimental Hydrogen-Exchange Data

著者 (9件)： Devaurs Didier (Department of Computer Science, Rice University) ,  Antunes Dinler A. (Department of Computer Science, Rice University) ,  Papanastasiou Malvina (Department of Pathology and Laboratory Medicine, University of Pennsylvania) ,  Papanastasiou Malvina (Broad Institute of MIT & Harvard) ,  Moll Mark (Department of Computer Science, Rice University) ,  Ricklin Daniel (Department of Pathology and Laboratory Medicine, University of Pennsylvania) ,  Ricklin Daniel (Department of Pharmaceutical Sciences, University of Basel) ,  Lambris John D. (Department of Pathology and Laboratory Medicine, University of Pennsylvania) ,  Kavraki Lydia E. (Department of Computer Science, Rice University)
資料名： Frontiers in Molecular Biosciences (Web)  (Frontiers in Molecular Biosciences (Web))
巻： 4  ページ： 13  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7081A  ISSN： 2296-889X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 溶液中の蛋白質による水素/重水素交換(HDX)のモニタリングは,蛋白質の構造に関する価値ある情報に変換する実験データを生成する。HDX実験により生成されたデータは,利用可能な場合,蛋白質の結晶構造を用いてしばしば解釈される。しかし,実験的なHDXデータと結晶構造の間の対応はしばしば満足できないことが示されている。これは,HDXデータの構造解析を行うことを試みるときに困難を生じる。本論文では,正確な構造解析の前提である実験的なHDXデータに良く適合する構造を得るためのいくつかの戦略を評価した。分子動力学シミュレーションの実行はこのような立体配座を得るのに不十分であり,代わりに粗粒立体配座サンプリング法を含む新しい方法論を提案した。このアプローチにより蛋白質の固有柔軟性を広範囲に調べることにより,実験的HDXデータに良く適合する単一立体配座を抽出する立体配座集合を生成した。この方法の4つの小および中規模蛋白質への適用性を実証した。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 構造解析 ,  適応性 ,  結晶構造 ,  *立体配座 ,  柔軟性 ,  分子動力学 ,  中規模 ,  計算機シミュレーション ,  *タンパク質
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション ,  H/D交換 ,  *水素交換 ,  *粗粒子 ,  *蛋白質構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： 蛋白質立体配座サンプリング ,  粗粒立体配座サンプリング ,  分子動力学 ,  実験データ適合 ,  水素/重水素交換 ,  質量分析 ,  核磁気共鳴分光法 ,  X線結晶学

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： 蛋白質構造 ,  粗粒 ,  立体配座 ,  サンプリング ,  実験 ,  水素交換