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J-GLOBAL ID：201802235116584273   整理番号：18A0966236

マイクロRNAコンビナトリアルバイオマーカーの効率的同定のためのクラスタ化に基づくアプローチ【JST・京大機械翻訳】

A clustering-based approach for efficient identification of microRNA combinatorial biomarkers

著者 (6件)： Yang Yang (Department of Computer Science and Engineering, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Yang Yang (Key Laboratory of Shanghai Education Commission for Intelligent Interaction and Cognitive Engineering, Shanghai, China) ,  Yang Yang (Key Laboratory of Systems Biomedicine (Ministry of Education), Shanghai Center for Systems Biomedicine, Shanghai, China) ,  Huang Ning (Department of Computer Science and Engineering, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Hao Luning (Department of Computer Science and Engineering, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China) ,  Kong Wei (Department of Computer Science and Engineering, Shanghai Maritime University, Shanghai, China)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 2  ページ： 210  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】マイクロRNA(miRNA)は腫瘍バイオマーカーおよび治療標的として大きな可能性を有する。ハイスループット実験技術の急速な発展として,遺伝子発現実験はますます特殊化され,多様化した。複雑なデータ構造はバイオマーカーの同定に大きな挑戦をもたらした。一方,バイオマーカーを検出するための現在の統計的および機械学習法は,低い信頼性とバイアス基準の問題を有している。【結果】本研究は,単一遺伝子バイオマーカーより高い感度と特異性を有する組合せmiRNAバイオマーカーを選択することを目的とした。徹底的探索と冗長情報を避けるために,miRNAを最初にクラスタ化して,次に代表的クラスタメンバーの組合せを潜在的バイオマーカーとして評価した。クラスタの分割と代表的メンバーの選択の両方の基準は,Fisher線形判別分析(FDA)に基づいている。FDAに基づく判定基準は,代表的なメンバーを選択する際に3つの他の基準より優れていることが実証されており,また,微細化クラスタにおいても優れている。8つの一般的特徴選択法との比較において,このクラスタリングベースの方法は,選択されたバイオマーカーの識別能力に関して最良の性能を発揮する。【結論】著者らの実験結果は,クラスタリングに基づく方法が,高い精度と効率でマイクロRNA組合せバイオマーカーを同定できることを実証する。著者らの方法とデータは,要求に応じて公共に利用可能である。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 精密化 ,  データ構造 ,  機械学習 ,  *クラスタ ,  遺伝子 ,  判定基準 ,  バイアス ,  *クラスタ化 ,  信頼性 ,  *バイオマーカー ,  腫瘍マーカー ,  遺伝子発現
準シソーラス用語： 線形判別分析 ,  特異性 ,  *マイクロRNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： マイクロRNA ,  バイオマーカー ,  クラスタリング

分類 (2件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

引用文献 (42件)：

• N Engl J Med; Micrornas as oncogenes and tumor suppressors; C Chen; 353; 17; 2005; 1768; 10.1056/NEJMp058190; CR1;
• Dev Biol; micrornas as oncogenes and tumor suppressors; B Zhang, X Pan, GP Cobb, TA Anderson; 302; 1; 2007; 1-12; 10.1016/j.ydbio.2006.08.028; CR2;
• Nat Rev Cancer; Microrna signatures in human cancers; GA Calin, CM Croce; 6; 11; 2006; 857-66; 10.1038/nrc1997; CR3;
• Theranostics; Micrornas: new biomarkers for diagnosis, prognosis, therapy prediction and therapeutic tools for breast cancer; G Bertoli, C Cava, I Castiglioni; 5; 10; 2015; 1122; 10.7150/thno.11543; CR4;
• Nature; A microrna polycistron as a potential human oncogene; L He, JM Thomson, MT Hemann, E Hernando-Monge, D Mu, S Goodson, S Powers, C Cordon-Cardo, SW Lowe, GJ Hannon; 435; 7043; 2005; 828-33; 10.1038/nature03552; CR5;

タイトルに関連する用語 (3件)： マイクロRNA ,  同定 ,  クラスタ化