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J-GLOBAL ID：201802235338105754   整理番号：18A2134911

リードクラウドのアセンブリーによる未培養微生物の質の高いゲノム配列

High-quality genome sequences of uncultured microbes by assembly of read clouds

著者 (10件)： BISHARA Alex (Stanford Univ., California, USA) ,  BATZOGLOU Serafim (Stanford Univ., California, USA) ,  MOSS Eli L (Stanford Univ., California, USA) ,  SIDOW Arend (Stanford Univ., California, USA) ,  BHATT Ami S (Stanford Univ., California, USA) ,  KOLMOGOROV Mikhail (Univ. California San Diego, California, USA) ,  PARADA Alma E (Stanford Univ., California, USA) ,  DEKAS Anne E (Stanford Univ., California, USA) ,  WENG Ziming (Stanford Univ. School of Medicine, California, USA) ,  SIDOW Arend (Stanford Univ. School of Medicine, California, USA)
資料名： Nature Biotechnology  (Nature Biotechnology)
巻： 36  号： 11  ページ： 1067-1075  発行年： 2018年11月09日 
JST資料番号： H0870A  ISSN： 1087-0156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： マイクロバイオーム試料のショットガンメタゲノム塩基配列解読では,系統レベルの群集構造を部分的に再構築することはできるが,分離および培養を行わずに質の高い微生物ゲノムの概要配列を得ることは今なお困難である。本論文では,長距離情報のタグを付けたショートリード配列群であるリードクラウドの,マイクロバイオーム試料への応用について示す。また,リードクラウドを用いてメタゲノムアセンブリーを改善するde novoアセンブラーAthenaを紹介する。この方法を用いて健常者2人の糞便試料の塩基配列解読を行い,その結果をショートリードおよび合成ロングリードを用いる既存のメタゲノム配列解読技術と比較した。リードクラウドメタゲノム配列解読とAthenaアセンブリーでは最も網羅的な個別ゲノム概要配列が得られ,未補正のショートリード配列のカバー率が比較的低い(20倍)細菌でも連続性は高かった(N50>200kb,コンティグは10個未満)。また,複雑な海底堆積物試料の塩基配列解読を行ったところ,中程度の質(完成度70%超,コンタミネーション10%未満)のゲノム概要配列が24本得られ,そのうち9本は完全なもの(完成度90%超,コンタミネーション5%未満)であった。この方法により,培養を行わずに1回のショットガン実験で質の高い微生物ゲノム概要配列を得ることが可能となる。Copyright Nature Japan KK 2018

シソーラス用語： ヌクレオチド配列 ,  アセンブラ ,  海底堆積物 ,  *培養 ,  細菌 ,  *ゲノム ,  *微生物 ,  連続性 ,  再構成
準シソーラス用語： コンティグ ,  メタゲノム ,  微生物ゲノム ,  解読 ,  常在菌叢ゲノム ,  *ゲノム配列 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (7件)： リード ,  クラウド ,  アセンブリー ,  培養 ,  微生物 ,  質 ,  ゲノム配列