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J-GLOBAL ID：201802235697565123   整理番号：18A2030954

水環境DNAの捕獲濃縮:最初の証明概念【JST・京大機械翻訳】

Capture enrichment of aquatic environmental DNA: A first proof of concept

著者 (9件)： Wilcox Taylor M. (Rocky Mountain Research Station, National Genomics Center for Wildlife and Fish Conservation, U.S. Department of Agriculture, Forest Service, Missoula, Montana) ,  Wilcox Taylor M. (University of Montana, W.A. Franke College of Forestry & Conservation, Missoula, Montana) ,  Wilcox Taylor M. (Division of Ecology and Evolution, Research School of Biology, The Australian National University, Canberra, Acton, Australian Capital Territory, Australia) ,  Zarn Katherine E. (Rocky Mountain Research Station, National Genomics Center for Wildlife and Fish Conservation, U.S. Department of Agriculture, Forest Service, Missoula, Montana) ,  Zarn Katherine E. (University of Montana, W.A. Franke College of Forestry & Conservation, Missoula, Montana) ,  Piggott Maxine P. (Division of Ecology and Evolution, Research School of Biology, The Australian National University, Canberra, Acton, Australian Capital Territory, Australia) ,  Young Michael K. (Rocky Mountain Research Station, National Genomics Center for Wildlife and Fish Conservation, U.S. Department of Agriculture, Forest Service, Missoula, Montana) ,  McKelvey Kevin S. (Rocky Mountain Research Station, National Genomics Center for Wildlife and Fish Conservation, U.S. Department of Agriculture, Forest Service, Missoula, Montana) ,  Schwartz Michael K. (Rocky Mountain Research Station, National Genomics Center for Wildlife and Fish Conservation, U.S. Department of Agriculture, Forest Service, Missoula, Montana)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 18  号： 6  ページ： 1392-1401  発行年： 2018年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 環境における環境DNA(eDNA)サンプリングは,水生動物コミュニティをサンプリングするためのツールとして急速に成長した種の存在を推測するための環境における遺伝的物質の検出をサンプリングする。環境サンプリングの潜在的に強力な特徴は,生息場所内のすべての分類群がDNAを明らかにし,それにより全群集評価の機会を作り出すことができるということである。しかしながら,環境における動物DNAは比較的稀である傾向があり,配列決定の前に焦点分類群から遺伝的標的を豊かにする必要がある。濃縮のための現在のメタコード化アプローチは,保存されたプライマーアニーリングサイトを用いたバルク増幅に依存しており,PCRバイアスのためにいくつかの分類群を検出するための相対的な配列の豊富さと失敗の結果となる可能性がある。ここでは,環境試料と実験室で生成されたDNA混合物に関する一連の実験を用いて,標的濃縮のための代替戦略としてのハイブリダイゼーションによる捕捉濃縮を試験した。捕捉濃縮は,両種類の試料において複数の種を検出する結果となり,捕捉後の相対配列豊度は正確に初期相対テンプレート豊度を反映した。しかし,環境試料(<0.1ng DNA)の典型的な非常に低いDNA量で信頼できる種の検出を可能にするためにはさらなる最適化が必要である。著者らの捕獲プロトコルは,現在のPCRベースのeDNA分析よりも感度が低いが,感度が低いと推定した。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 水生動物 ,  最適化 ,  *DNA【核酸】 ,  遺伝学 ,  生息場所 ,  高速度 ,  遺伝 ,  環境試料 ,  コミュニティ ,  バイアス ,  分子ハイブリダイゼーション ,  動物 ,  *捕獲
準シソーラス用語： 分類群 ,  *環境DNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 捕捉 ,  EDNA ,  環境DNA ,  メタバーコーディング ,  メタ遺伝学

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (6件)： 水 ,  環境DNA ,  捕獲 ,  濃縮 ,  証明 ,  概念