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J-GLOBAL ID：201802236003685377   整理番号：18A1998710

扁形動物門におけるAtp6遺伝子のPhylum platyphenthesコドン使用下でのミトコンドリアATP6遺伝子におけるA/T末端コドンの選択性【JST・京大機械翻訳】

Preference of A/T ending codons in mitochondrial ATP6 gene under phylum Platyhelminthes Codon usage of ATP6 gene in Platyhelminthes

著者 (3件)： Mazumder Gulshana A (Department of Biotechnology, Assam University, Silchar, 788011, Assam, India) ,  Uddin Arif (Moinul Hoque Choudhury Memorial Science College, Algapur, Hailakandi, 788150, Assam, India) ,  Chakraborty Supriyo (Department of Biotechnology, Assam University, Silchar, 788011, Assam, India)
資料名： Molecular and Biochemical Parasitology  (Molecular and Biochemical Parasitology)
巻： 225  ページ： 15-26  発行年： 2018年 
JST資料番号： T0912A  ISSN： 0166-6851  CODEN： MBIPDP  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： アミノ酸に対する遺伝子転写物における同義コドンの不均一な使用は,コドン使用バイアス(CUB)として知られている。それはゲノムと同様に遺伝子のユニークな特性である。突然変異と自然淘汰はCUBに影響する主要因子であることが知られている。他の因子には,遺伝子発現レベル,GC含有量,コドン位置,組換え率,RNA安定性および遺伝子長が含まれている。CuB分析は,種における分子生物学,遺伝学およびゲノム進化の深い理解を助ける。著者らは,生物情報科学的方法を用いて,異なるクラスのplathelにおけるMT-ATP6遺伝子におけるCUBのパターンを調査した。この分析は,チロシンアミノ酸に対するアスパラギンとTAAに対するコドンAAAコードである,国立生物工学情報センター(NCBI)の翻訳表14の遺伝的コードに基づいている。CCUBの指標である同義コドン使用順序(SCUO),すなわち,plathel,単生,狂犬病,トレマドラ,およびturbellariaは,それぞれ0.43,0.32,0.49,0.40および0.36であり,ATP6遺伝子のコドン利用バイアスは低いことが示唆された(SCUO<0.50)。高度に有意な相関(p<0.001)が,SCUOと種々のGC含有量の間で見られ,GC組成がCUBに影響を及ぼすことを示した。コドンに関する相対的同義コドン利用(RSCU)分析から,すべてのクラスにおいて過剰発現コドンの大部分がA/T末端型であり,優先コドンが組成制約により影響されることを示唆した。PR2プロットにより,A及びCに対するG及びTのより大きな使用により,4倍縮退コドンファミリーの間のAT及びGC塩基の非対称的利用を明らかにした。高度に有意な相関(p<0.001)が全体的ヌクレオチド組成とその3番目のコドン位置の間で見られ,自然淘汰と突然変異圧力の両方が異なるクラスの間でCUBに影響を及ぼす可能性があることを示唆した。中立性分析は,自然淘汰が主要な役割を果たす可能性があることを明らかにした。変異応答指標(MRI)と翻訳選択(P2)値は,翻訳効率の選択がMT-ATP6遺伝子のコドン使用バイアスに適度に影響することを明らかにした。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アミノ酸 ,  *遺伝 ,  遺伝子発現 ,  バイアス ,  ゲノム ,  *ミトコンドリア ,  突然変異 ,  自然淘汰 ,  分子生物学 ,  非対称性 ,  *コドン ,  遺伝学 ,  ヌクレオチド
準シソーラス用語： 過剰発現 ,  バイオインフォマティクス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： コドン使用バイアス ,  突然変異圧力 ,  自然淘汰と同義コドン使用順序

分類 (4件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  微生物の生化学  (EG03020N) ,  進化論一般  (EC03010Q) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (5件)： 扁形動物門 ,  遺伝子 ,  コドン ,  ミトコンドリア ,  選択性