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J-GLOBAL ID：201802236822967692   整理番号：18A0965880

分類器の統合による真菌バイオマーカー発見【JST・京大機械翻訳】

Fungal biomarker discovery by integration of classifiers

著者 (17件)： Saraiva Joao Pedro (Network Modelling, Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology, Hans Knoll Institute (HKI), Jena, Germany) ,  Saraiva Joao Pedro (Center for Sepsis Control and Care (CSCC), Jena University Hospital, Jena, Germany) ,  Oswald Marcus (Network Modelling, Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology, Hans Knoll Institute (HKI), Jena, Germany) ,  Oswald Marcus (Center for Sepsis Control and Care (CSCC), Jena University Hospital, Jena, Germany) ,  Biering Antje (Network Modelling, Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology, Hans Knoll Institute (HKI), Jena, Germany) ,  Biering Antje (Center for Sepsis Control and Care (CSCC), Jena University Hospital, Jena, Germany) ,  Roll Daniela (Network Modelling, Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology, Hans Knoll Institute (HKI), Jena, Germany) ,  Roll Daniela (Center for Sepsis Control and Care (CSCC), Jena University Hospital, Jena, Germany) ,  Assmann Cora (Septomics Research Centre, Jena University Hospital, Jena, Germany) ,  Klassert Tilman (Septomics Research Centre, Jena University Hospital, Jena, Germany) ,  Blaess Markus (Center for Sepsis Control and Care (CSCC), Jena University Hospital, Jena, Germany) ,  Czakai Kristin (University Hospital Wuerzburg, Wuerzburg, Germany) ,  Claus Ralf (Center for Sepsis Control and Care (CSCC), Jena University Hospital, Jena, Germany) ,  Loffler Juergen (University Hospital Wuerzburg, Wuerzburg, Germany) ,  Slevogt Hortense (Septomics Research Centre, Jena University Hospital, Jena, Germany) ,  Konig Rainer (Network Modelling, Leibniz Institute for Natural Product Research and Infection Biology, Hans Knoll Institute (HKI), Jena, Germany) ,  Konig Rainer (Center for Sepsis Control and Care (CSCC), Jena University Hospital, Jena, Germany)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 601  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:ヒト免疫系は,感染から宿主を保護するために責任がある。しかし,免疫不全個体において,感染リスクは,可能性のある劇的な結果により実質的に増加する。極端に,全身感染は世界中の多くの死亡の原因となる敗血症につながる可能性がある。その原因は細菌と菌類による感染である。生存を増加させるためには,感染のタイプを迅速に同定することが必須である。真菌と細菌の病原体を識別することは,抗真菌薬または抗生物質がそれぞれ投与されるかどうかを決定するために重要である。このため,in situ実験を行い,バイオマーカーを同定するヒト免疫系の調節機構を決定した。しかしながら,これらの研究は,異なる実験室設定,病原体株,細胞型および組織,ならびに試料抽出の時間のいずれかによる不均一な結果をもたらし,数少ない名前をつけた。【方法】真菌と細菌感染サンプルを識別することができる遺伝子署名を作り出すために,上記の病原体から成るいくつかのデータセットに関する混合整数線形計画法(MILP)ベースの分類装置を使用した。【結果】共同最適化によって分類装置を結合するとき,著者らは実験装置と独立してバイオマーカー遺伝子リストの一貫性を増加させることができた。単一分類器のそれと比較したとき,43%のペアワイズ重複(各交差検証で重複する遺伝子の数)の増加がこのアプローチにより得られた。精製された遺伝子リストは19の遺伝子から成り,発現の一貫性(上方または下方制御)に従ってランク付けされ,それらのほとんどはERK-MAPKシグナル伝達経路に直接または間接的にリンクされ,感染に対する免疫応答に重要な役割を果たしていることが示された。非見られたデータセット上で同定された12遺伝子の試験により,83%の平均精度が得られた。結論:結論として,著者らの方法は,独立分類装置の組合せを可能にし,生成した遺伝子シグネチャの一貫性と信頼性を増加させた。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 抗生物質 ,  病原体 ,  細菌 ,  最適化 ,  ヒト ,  遺伝子 ,  *真菌類 ,  ダウンレギュレーション ,  免疫反応 ,  敗血症 ,  細菌感染 ,  分類装置 ,  *バイオマーカー ,  抗真菌薬 ,  細菌感染症
準シソーラス用語： 免疫系 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 免疫応答 ,  システム生物学 ,  真菌病原菌 ,  マイクロアレイ ,  特徴選択

分類 (1件)： 微生物感染の生理と病原性  (EG03053T)

引用文献 (58件)：

• Janeway CA, Travers P, Walport M, Shlomchik M. Immunobiology: The Immune System In Health And Disease. Immuno Biol. 5. 2001;892. Available from:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK10757/
• PLoS Pathog; Candida Albicans pathogenicity and epithelial immunity; JR Naglik, JP Richardson, DL Moyes; 10; 2014; 8-11; 10.1371/journal.ppat.1004257; CR2;
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• Douglas LJ, Jenkinson HF. Interactions between Candida Species and Bacteria in Mixed Infections. Polymicrob. Dis. 2002. p. 357-74. Available from:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK2486/?report=reader%5Cn,http://www.asmscience.org/content/book/10.1128/9781555817947.chap18
• Ferrer R, Martin-Loeches I, Phillips G, Osborn TM, Townsend S, Dellinger RP, et al. Empiric antibiotic treatment reduces mortality in severe sepsis and septic shock from the first hour: results from a guideline-based performance improvement program. Crit. Care Med. 2014 [cited 2016 Jan 22];42:1749-1755. Available from:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24717459.

タイトルに関連する用語 (5件)： 分類器 ,  統合 ,  真菌 ,  バイオマーカー ,  発見