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J-GLOBAL ID：201802236929027764   整理番号：18A1712645

Tropheryma Whippleiにおける推定薬物標的の同定と未知蛋白質の注釈【JST・京大機械翻訳】

Identification of putative drug targets and annotation of unknown proteins in Tropheryma whipplei

著者 (2件)： Palanisamy Navaneethan (Molecular and Cellular Engineering Group, BioQuant, University of Heidelberg, Heidelberg, Germany) ,  Palanisamy Navaneethan (The Hartmut Hoffmann-Berling International Graduate School of Molecular and Cellular Biology (HBIGS), University of Heidelberg, Heidelberg, Germany)
資料名： Computational Biology and Chemistry  (Computational Biology and Chemistry)
巻： 76  ページ： 130-138  発行年： 2018年 
JST資料番号： H0201B  ISSN： 1476-9271  CODEN： COCHDK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： T.whipplei(T.whipplei)はWhipple病と血液培養陰性心内膜炎の原因物質である。症状の変動により,疾患はしばしば診断されない。この細菌感染に対する治療はしばしば長く,抗生物質の不適切な取り込みは多くの患者において再発をもたらした。本研究において,利用可能な生物情報学ツールと,高歯科におけるクラスターデータベース(CD-HIT)を用いて,蛋白質のための基本的な局所配列探索ツール(BLASTp),Essential Gen(DEG)のデータベース,およびDugBankデータベース,13の推定薬物標的を,現在利用可能な薬物(実験的または承認)を標的としたサブトラクティブゲノム分析により同定した。さらに,3Dモデルをこれらの推定薬物標的の1つ,T.whipplei DNAリガーゼに対して生成し,in silicoドッキングをAutoDock Vinaを用いてピリドクロマノンとアデノシン誘導阻害剤で行った。さらに,バイオテクノロジー情報(NCBI)蛋白質データベースのための国立センターにおけるT.whipplei蛋白質配列の多くは未知であった。利用可能なWebサーバを用いて,KEGG自動匿名サーバ(KAAS),BLASTp,Conserved Domainアーキテクチャ検索ツール(CDAT)および蛋白質ファミリー(Pfam)を用いて,これらの蛋白質配列のほぼ80%に対する機能/遠隔/ドメイン相同性を注釈した。本研究で得られたデータは,医師と研究者がこの細菌感染を抑制することを助ける。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アミノ酸配列 ,  抗生物質 ,  データベース ,  リガーゼ ,  医師 ,  細菌感染 ,  *タンパク質 ,  患者 ,  DNA【核酸】 ,  ドッキング ,  診断用薬 ,  プリンヌクレオシド ,  リボヌクレオシド
準シソーラス用語： 匿名 ,  阻害剤 ,  AutoDock ,  in silico , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： T.Whipplei ,  推定薬物標的 ,  サブトラクティブゲノム解析 ,  未知の蛋白質配列 ,  機能/遠隔/ドメイン相同性

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

物質索引 (1件)： アデノシン

タイトルに関連する用語 (6件)： Tropheryma ,  推定 ,  薬物標的 ,  同定 ,  蛋白質 ,  注釈