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J-GLOBAL ID：201802237753158366   整理番号：18A1295847

キュウリゲノムにおける蛋白質コード遺伝子の最新機能アノテーション【JST・京大機械翻訳】

An Updated Functional Annotation of Protein-Coding Genes in the Cucumber Genome

著者 (4件)： Song Hongtao (MOE Key Laboratory for Biodiversity Science and Ecological Engineering, College of Life Sciences, Beijing Normal University) ,  Lin Kui (MOE Key Laboratory for Biodiversity Science and Ecological Engineering, College of Life Sciences, Beijing Normal University) ,  Hu Jinglu (Graduate School of Information, Production and Systems, Waseda University) ,  Pang Erli (MOE Key Laboratory for Biodiversity Science and Ecological Engineering, College of Life Sciences, Beijing Normal University)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 9  ページ： 325  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:キュウリ参照ゲノムとそのアノテーションは数年前に発表されているが,予測された遺伝子,特に蛋白質コード遺伝子の機能的アノテーションは,更なる改善を必要とする。一般的に,遺伝子間のオーソログ関係を正確に決定することにより,予測された遺伝子のより良好でよりロバストな機能的帰属が可能になる。最も信頼できる戦略の一つとして,共線性情報の決定は,複数の関連ゲノムからの遺伝子間の信頼できるオーソログ推論を容易にする可能性がある。現在,共線セグメントの同定は主に遺伝子秩序と配向の保存に基づいている。植物ゲノム進化の過程において,種々の進化イベントは染色体に沿った遺伝子の順序を破壊または歪ませ,植物ゲノム比較のためのゲノムワイドマーカーとしてそれらの遺伝子を用いることを困難にしている。【結果】局在化LASTS/MULTIZ分析パイプラインを用いて,キュウリおよび他の関連被子植物を含む15のゲノムを整列させ,長さが短く,構造が安定で,分布が均一で,15の植物全体を通して高度に保存されている一連のゲノムセグメントを同定した。蛋白質コード遺伝子と比較して,これらの保存されたセグメントは,遠く分岐した植物の間の共線セグメントを検出するためのゲノムマーカーとしての使用により適していた。同定された共線ゲノムセグメントのこのセットにより誘導され,キュウリと14の他の被子植物種間の94,486のオーソログ蛋白質コード遺伝子対(OPPs)を推定し,他の14のゲノムのアノテーションからキュウリ遺伝子への機能的用語を伝達する代理として用いた。全部で,10885の蛋白質コード化遺伝子が遺伝子オントロジー(GO)用語に割り当てられ,それはUnipro-プロテオミクスデータベースで収集された結果よりほぼ1,300倍多かった。結果は,アノテーション精度が他の既存のアプローチと比較して改善されることを示した。結論:本研究では,キュウリの生物学的研究に役立つと期待されるキュウリの蛋白質コード遺伝子の機能的アノテーションのための代替資源を提供した。一方,キュウリ参照ゲノムを事例研究として用いて,モデル種における以前によく特性化された蛋白質コード遺伝子から新たに配列化されたまたは「非モデル」植物種への遺伝子機能情報伝達のための効率的戦略を提示した。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： キャラクタリゼーション ,  符号化 ,  *キュウリ ,  *タンパク質 ,  ロバスト性 ,  *ゲノム ,  *アノテーション ,  *遺伝子 ,  事例研究 ,  被子植物
準シソーラス用語： 遺伝子機能 ,  遺伝子オントロジー ,  植物ゲノム ,  ゲノム進化 ,  オルソログ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： キュウリ ,  遺伝子機能アノテーション ,  共線セグメント ,  矯正学 ,  蛋白質コード遺伝子

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  植物学一般  (EH01010R)

タイトルに関連する用語 (5件)： キュウリ ,  ゲノム ,  蛋白質 ,  遺伝子 ,  アノテーション