バーコード高分解能融解分析(BAR-HRM)によるヨーロッパのコイ科試料の識別  試料割当のためのコスト効率の良い迅速な方法【JST・京大機械翻訳】

Behrens-Chapuis Simone; Malewski Tadeusz; Suchecka Ewa; Geiger Matthias F.; Herder Fabian; Bogdanowicz Wieslaw

文献

J-GLOBAL ID：201802238770079329 整理番号：18A0839640

バーコード高分解能融解分析(BAR-HRM)によるヨーロッパのコイ科試料の識別試料割当のためのコスト効率の良い迅速な方法【JST・京大機械翻訳】

Discriminating European cyprinid specimens by barcode high-resolution melting analysis (Bar-HRM)-A cost efficient and faster way for specimen assignment?

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資料名：
巻： 204 ページ： 61-73 発行年： 2018年
JST資料番号： W1938A ISSN： 0165-7836 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

今日,現代の生物学に直面する挑戦の一つは,生物の種レベルへの迅速な同定のための正確で信頼できる費用効率の高い方法を開発することである。ここでは,DNAバーコード化(Bar-HRM)と高分解能融解(HRM)分析を組み合わせて,22の一般的なヨーロッパのコイ科種の215の標本を識別するためのその効率を評価した。異なるフラグメントに対するミトコンドリアチトクロームオキシダーゼ遺伝子サブユニットI(COI)の標準バーコード領域をスクリーニングした後,十分な配列多様性を有する短い領域(142bp)を選択した。選択したミニバーコードを用いて,Bar-HRM分析を行い,この閉鎖チューブ法の可能性を試験し,コイ間の遺伝的変異を明らかにした。ラン間再現性を評価するために,いくつかのBar-HRMランを,種当たり8と10の試料を用いて異なる日に実施し,増幅曲線と融解温度のわずかな変化をもたらした。この技術は,単一塩基変化に非常に敏感であり,地理的変異体の検出を可能にした。標本の92%は正しいコイ科種に明確に割り当てられたが,7つの個体において,あいまいさの存在は割り当てを妨げた。Barbus barbusの場合,この方法は失敗した。1対のミニバーコードプライマーを持つ標的種のプールから未知の試料に対する簡単な分子同定ツールを設定するためのガイドラインを提供し,汚染リスクを低減した。Bar-HRMは,同定過程において,時間(最大241時間)と労働コスト(最大88%)を大幅に低減する可能性を持つ特定の応用において,Sanger配列決定に基づく信頼性のある簡単な代替法を提供することを実証した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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代謝一般 , その他の物理分析 , 穀類とその製品一般 , 核酸一般 , 遺伝学研究法

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バーコード高分解能融解分析(BAR-HRM)によるヨーロッパのコイ科試料の識別 試料割当のためのコスト効率の良い迅速な方法【JST・京大機械翻訳】

バーコード高分解能融解分析(BAR-HRM)によるヨーロッパのコイ科試料の識別試料割当のためのコスト効率の良い迅速な方法【JST・京大機械翻訳】