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J-GLOBAL ID：201802239015641620   整理番号：18A1034287

代用組織の選択は新生児EWAS所見に影響する【JST・京大機械翻訳】

Choice of surrogate tissue influences neonatal EWAS findings

著者 (28件)： Lin Xinyi (Singapore Institute for Clinical Sciences, A*STAR, Singapore, Singapore) ,  Lin Xinyi (Duke NUS Medical School, Singapore, Singapore) ,  Teh Ai Ling (Singapore Institute for Clinical Sciences, A*STAR, Singapore, Singapore) ,  Chen Li (Singapore Institute for Clinical Sciences, A*STAR, Singapore, Singapore) ,  Lim Ives Yubin (Singapore Institute for Clinical Sciences, A*STAR, Singapore, Singapore) ,  Tan Pei Fang (Singapore Institute for Clinical Sciences, A*STAR, Singapore, Singapore) ,  MacIsaac Julia L. (Centre for Molecular Medicine and Therapeutics, Child and Family Research Institute, Department of Medical Genetics, University of British Columbia, Vancouver, Canada) ,  Morin Alexander M. (Centre for Molecular Medicine and Therapeutics, Child and Family Research Institute, Department of Medical Genetics, University of British Columbia, Vancouver, Canada) ,  Yap Fabian (KK Women’s and Children’s Hospital, Singapore, Singapore) ,  Tan Kok Hian (KK Women’s and Children’s Hospital, Singapore, Singapore) ,  Saw Seang Mei (Duke NUS Medical School, Singapore, Singapore) ,  Saw Seang Mei (Saw Swee Hock School of Public Health, National University of Singapore, Singapore, Singapore) ,  Saw Seang Mei (Singapore Eye Research Institute, Singapore, Singapore) ,  Lee Yung Seng (Singapore Institute for Clinical Sciences, A*STAR, Singapore, Singapore) ,  Lee Yung Seng (Department of Paediatrics, Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore, Singapore, Singapore) ,  Lee Yung Seng (Division of Paediatric Endocrinology and Diabetes, Khoo Teck Puat-National University Children’s Medical Institute, National University Health System, Singapore, Singapore) ,  Holbrook Joanna D. (Singapore Institute for Clinical Sciences, A*STAR, Singapore, Singapore) ,  Holbrook Joanna D. (NIHR Biomedical Research Centre, University of Southampton, Southampton, UK) ,  Godfrey Keith M. (MRC Lifecourse Epidemiology Unit and NIHR Southampton Biomedical Research Centre, University of Southampton and University Hospital Southampton NHS Foundation Trust, Southampton, UK) ,  Meaney Michael J. (Singapore Institute for Clinical Sciences, A*STAR, Singapore, Singapore) ,  Meaney Michael J. (Ludmer Centre for Neuroinformatics and Mental Health, Douglas University Mental Health Institute, McGill University, Montreal, Canada) ,  Kobor Michael S. (Centre for Molecular Medicine and Therapeutics, Child and Family Research Institute, Department of Medical Genetics, University of British Columbia, Vancouver, Canada) ,  Chong Yap Seng (Singapore Institute for Clinical Sciences, A*STAR, Singapore, Singapore) ,  Chong Yap Seng (Department of Obstetrics and Gynaecology, Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore, Singapore, Singapore) ,  Gluckman Peter D. (Singapore Institute for Clinical Sciences, A*STAR, Singapore, Singapore) ,  Gluckman Peter D. (Centre for Human Evolution, Adaptation and Disease, Liggins Institute, University of Auckland, Auckland, New Zealand) ,  Karnani Neerja (Singapore Institute for Clinical Sciences, A*STAR, Singapore, Singapore) ,  Karnani Neerja (Department of Biochemistry, Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore, Singapore, Singapore)
資料名： BMC Medicine (Web)  (BMC Medicine (Web))
巻： 15  号： 1  ページ： 211  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7435A  ISSN： 1741-7015  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： エピゲノムは組織特異的であり,その結果,代用組織の選択は新生児のエピゲノム関連研究(EWAS)の解釈と標的組織への外挿において重要な役割を果たすことができる。組織特異性と新生児EWASの間のリンクのより良い理解と遺伝子型と出生前因子の寄与を開発するために,著者らは出生時に最もアクセス可能な代用組織の2つである臍帯組織と臍帯血のゲノムワイドDNAメチル化を比較した。295人の新生児において,DNAメチル化は,Infinium HumanMethylation450ビーズチップアレイを用いてプロファイリングした。DNAメチル化における個体間変動性の部位をマッピングし,出生時の2つの代用組織,すなわち臍帯組織と臍帯血を横断して比較した。標的組織への類似性を確認するために,代理組織のDNAメチル化プロファイルを,Epiゲノムロードマッププロジェクトの下でマッピングされた25の一次組織/細胞型と比較した。可変CpGに及ぼす遺伝子型の組織特異的影響も分析した。最後に,子宮内環境の影響を調べるために,45の出生前因子に対するEWASを実施し,代用組織を横断して比較した。新生児EWAS結果は組織特異的であった。臍帯血と比較して,臍帯組織はエピゲノムにおいてより高い個体間変動性を示し,遺伝子型により影響されたCpGの割合は低かった。両新生児組織は中胚葉起源の標的組織に対する良好な代用物であった。また,それらは異なる表現型会合を示し,重複CpGの効果サイズは同程度の大きさであった。遺伝学,出生前因子およびepiティクス間の相互関係は組織特異的であり,将来の新生児EWASの設計および解釈において注意深い考察を必要とする。この出生コホートは,健康と疾患の発生起源を研究するために設計された前向き観察研究であり,同定されたNCT01174875の下で2010年7月1日に遡及的に登録された。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 子宮 ,  臍帯血 ,  遺伝学 ,  組織特異性 ,  表現型 ,  中胚葉 ,  遺伝子型 ,  *新生児 ,  臍帯
準シソーラス用語： 健康 ,  CpG ,  プロファイリング ,  DNAメチル化 ,  出生 ,  エピゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： エピゲノム関連研究 ,  組織特異性 ,  DNAメチル化 ,  出生前因子 ,  遺伝子型 ,  新生児

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (28件)：

• BMC Genomics; Methylation quantitative trait loci (meQTLs) are consistently detected across ancestry, developmental stage, and tissue type; AK Smith, V Kilaru, M Kocak, LM Almli, KB Mercer, KJ Ressler, FA Tylavsky, KN Conneely; 15; 2014; 145; 10.1186/1471-2164-15-145; citation_id=CR1
• Genome Biol; Systematic identification of genetic influences on methylation across the human life course; TR Gaunt, HA Shihab, G Hemani, JL Min, G Woodward, O Lyttleton, J Zheng, A Duggirala, WL McArdle, K Ho; 17; 2016; 61; 10.1186/s13059-016-0926-z; citation_id=CR2
• Curr Environmen Health Rep; Select prenatal environmental exposures and subsequent alterations of gene-specific and repetitive element DNA methylation in fetal tissues; BB Green, CJ Marsit; 2; 2015; 126-36; 10.1007/s40572-015-0045-0; citation_id=CR3
• Genome Res; Neonatal DNA methylation profile in human twins is specified by a complex interplay between intrauterine environmental and genetic factors, subject to tissue-specific influence; L Gordon, JE Joo, JE Powell, M Ollikainen, B Novakovic, X Li, R Andronikos, MN Cruickshank, KN Conneely, AK Smith; 22; 2012; 1395-406; 10.1101/gr.136598.111; citation_id=CR4
• Nature; Integrative analysis of 111 reference human epigenomes; A Kundaje, W Meuleman, J Ernst, M Bilenky, A Yen, A Heravi-Moussavi, P Kheradpour, Z Zhang, J Wang; 518; 2015; 317-30; 10.1038/nature14248; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (4件)： 代用 ,  組織 ,  新生児 ,  所見