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J-GLOBAL ID：201802239333017917   整理番号：18A1297698

多面的ネットワークベース発見:標的遺伝子発見のための統合ネットワーク【JST・京大機械翻訳】

Pleiotropic and Epistatic Network-Based Discovery: Integrated Networks for Target Gene Discovery

著者 (20件)： Weighill Deborah (The Bredesen Center for Interdisciplinary Research and Graduate Education, University of Tennessee) ,  Weighill Deborah (Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory) ,  Jones Piet (The Bredesen Center for Interdisciplinary Research and Graduate Education, University of Tennessee) ,  Jones Piet (Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory) ,  Shah Manesh (Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory) ,  Ranjan Priya (Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory) ,  Ranjan Priya (Department of Plant Sciences, The University of Tennessee Institute of Agriculture, University of Tennessee) ,  Muchero Wellington (Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory) ,  Schmutz Jeremy (Department of Energy, Joint Genome Institute) ,  Schmutz Jeremy (HudsonAlpha Institute for Biotechnology) ,  Sreedasyam Avinash (HudsonAlpha Institute for Biotechnology) ,  Macaya-Sanz David (Department of Biology, West Virginia University) ,  Sykes Robert (National Renewable Energy Laboratory) ,  Zhao Nan (Department of Plant Sciences, The University of Tennessee Institute of Agriculture, University of Tennessee) ,  Martin Madhavi Z. (Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory) ,  DiFazio Stephen (Department of Biology, West Virginia University) ,  Tschaplinski Timothy J. (Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory) ,  Tuskan Gerald (Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory) ,  Jacobson Daniel (The Bredesen Center for Interdisciplinary Research and Graduate Education, University of Tennessee) ,  Jacobson Daniel (Biosciences Division, Oak Ridge National Laboratory)
資料名： Frontiers in Energy Research (Web)  (Frontiers in Energy Research (Web))
巻： 6  ページ： 30  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7069A  ISSN： 2296-598X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生物学的生物は相互作用する分子とマクロ分子の機能的ネットワークから成る複雑な系である。複雑な表現型は,発現されたゲノム変異体の編成された,階層的な,不均一な集合の結果である。しかしながら,これらの変異体の影響は歴史的選択的圧力と現在の環境および後成的シグナルの結果であり,それらの共存は多くの異なる方法でゲノム全体の相関として見ることができる。バイオマス難分解性(すなわち,植物の分解または分解に対する植物の抵抗性,最終的に植物の糖へのアクセスを可能にする)は,生物燃料イニシアティブに対する高い重要性の複雑な多遺伝子表現型である。本研究では,この集団にわたる代謝とpyMBMSデータとの組合せにおいて,800以上の異なるPopulus trichocarpa遺伝子型から得られたデータを利用し,共発現と共メチル化ネットワークを用いて,リグニン生合成/分解に関与する標的遺伝子を同定した。異なる層における情報を統合し,標的機能に対する遺伝子を結びつける証拠の数を定量化するために,証拠(LOE)評価システムを開発した。この新しい評価システムを適用して,遺伝子をリグニン関連遺伝子に結びつける証拠とネットワーク層を横切る表現型を定量化し,種々のAGAMOUS-LIKE遺伝子を含むP.trichocarpaにおけるリグニン生合成に関与する潜在的新しい候補遺伝子を囲む新しい仮説の生成を可能にした。単一ヌクレオチド多型(SNP)相関,共メチル化およびLOEスコアを介した共発現ネットワークと統合した,結果としてのゲノムWide協会研究ネットワークは,細胞機能の基礎となる多面的およびエピ静的的関係を決定するための強力なアプローチであることが証明されており,そのため,複雑な表現型に対する分子基盤,例えば難分解性を決定することが証明されている。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝子 ,  表現型 ,  生合成 ,  相互作用 ,  一塩基多型 ,  *ネットワーク ,  リグニン ,  生物燃料 ,  メチル化 ,  ゲノム ,  遺伝子型
準シソーラス用語： 難分解性 ,  候補遺伝子 ,  共発現 ,  Populus trichocarpa , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： マルチゲノムデータ層化 ,  LOEスコア ,  証拠の線 ,  GWAS ,  SNP相関 ,  関連ネットワーク

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： 発見 ,  標的遺伝子 ,  統合ネットワーク