文献

J-GLOBAL ID：201802239605985740   整理番号：18A1071385

ダイナソーム:T細胞受容体ドメイン間およびT細胞受容体-ペプチド-MHC(クラスI)会合角の構造に基づく予測【JST・京大機械翻訳】

DynaDom: structure-based prediction of T cell receptor inter-domain and T cell receptor-peptide-MHC (class I) association angles

著者 (3件)： Hoffmann Thomas (Department of Biosciences and Center for Integrated Protein Science Munich, Technische Universitaet Muenchen, Freising, Germany) ,  Marion Antoine (Department of Biosciences and Center for Integrated Protein Science Munich, Technische Universitaet Muenchen, Freising, Germany) ,  Antes Iris (Department of Biosciences and Center for Integrated Protein Science Munich, Technische Universitaet Muenchen, Freising, Germany)
資料名： BMC Structural Biology (Web)  (BMC Structural Biology (Web))
巻： 17  号： 1  ページ： 2  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7369A  ISSN： 1472-6807  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:T細胞受容体(TCR)分子は,主な組織適合性複合体分子(pMHC)で示される自己と外国ペプチドを区別するので,適応免疫応答に関与する。前者の研究は,TCR可変ドメイン(Vα/Vβ)の会合角が,pMHC複合体への結合により著しく異なり,変化することを示した。これらの変化は,2つの高度に保存されたグルタミン残基の相互作用によって特性化される回転の一般的な中心の周りのドメインの回転として記述できる。【方法】TCRpMHC複合体におけるTCR Vα/Vβドメイン間およびTCR/pMHC配向の予測のための計算法DynaDomを開発し,複数の蛋白質ドメインの配向を予測した。加えて,グルタミンおよびアスパラギン残基におけるカルボキサミド末端基の正しい配向を予測するための新しいアプローチを実施した。それは外部の独立したツールとしても使用できる。【結果】本アプローチを,それぞれ,TCRおよびTCRpMHC(クラスI)複合体の75および53の実験構造のリモデリングに対して評価した。DynaDom法は,最良のRMSDと最良の相互作用エネルギーを持つ場合に対して,それぞれ96と89%の場合において,TCR Vα/Vβ角の正しい配向を予測することを示した。TCR Vα/VβおよびpMHC方位の同時予測に対して,それぞれの率は74および72%に達した。徹底的な解析を通して,pMHC配置は,現在のアプローチの直接的ではあるが非常に時間的な拡張によって,さらに改善され得ることを示すことができた。結論:本リモデリング研究で得られた結果は,ドメイン間角度最適化に対する著者らのアプローチの適合性を証明した。さらに,エネルギー的に最も高いランク付けされた姿勢に対して特に得られた高い予測率は,この方法がブラインド予測の有力な候補であることを示している。したがって,それは,TCRpMHC複合体および潜在的に他の大きな分子集合体に対する正確な原子論的モデリングパイプラインの一部として十分に適しているはずである。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： エピトープ ,  適応性 ,  複合体 ,  キャラクタリゼーション ,  カルボアミド ,  *ペプチド ,  末端基 ,  最適化 ,  相互作用 ,  *T細胞受容体 ,  *予測 ,  *T細胞 ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸 ,  ジカルボン酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： *ドメイン構造 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： T細胞認識 ,  TCR構造モデリング ,  エピトープ予測 ,  グルタミン側鎖の予測 ,  蛋白質ドメイン会合角 ,  免疫情報学 ,  養子T細胞療法 ,  ワクチン設計

分類 (3件)： 抗原・抗体・補体の生化学  (ED04020L) ,  免疫反応一般  (ED03010T) ,  細胞膜の受容体  (EF04030C)

物質索引 (1件)： グルタミン

引用文献 (102件)：

• Science; A direct estimate of the human alphabeta T cell receptor diversity; TP Arstila, A Casrouge, V Baron, J Even, J Kanellopoulos, P Kourilsky; 286; 5441; 1999; 958-961; 10.1126/science.286.5441.958; CR1;
• J Immunol; Size estimate of the alpha beta TCR repertoire of naive mouse splenocytes; A Casrouge, E Beaudoing, S Dalle, C Pannetier, J Kanellopoulos, P Kourilsky; 164; 11; 2000; 5782-5787; 10.4049/jimmunol.164.11.5782; CR2;
• Genome Res; Exhaustive T-cell repertoire sequencing of human peripheral blood samples reveals signatures of antigen selection and a directly measured repertoire size of at least 1 million clonotypes; RL Warren, JD Freeman, T Zeng, G Choe, S Munro, R Moore, JR Webb, RA Holt; 21; 5; 2011; 790-797; 10.1101/gr.115428.110; CR3;
• Nature; Somatic generation of antibody diversity; S Tonegawa; 302; 5909; 1983; 575-581; 10.1038/302575a0; CR4;
• Trends Immunol; Reconciling views on T cell receptor germline bias for MHC; KC Garcia; 33; 9; 2012; 429-436; 10.1016/j.it.2012.05.005; CR5;

タイトルに関連する用語 (7件)： T細胞受容体 ,  ドメイン ,  ペプチド ,  MHC ,  クラス ,  会合 ,  予測