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J-GLOBAL ID：201802239824036422   整理番号：18A0643021

EGFRvIII抗原-MR1(scFv)抗体複合体のMM-PBSA計算精度に及ぼす力場/溶媒水モデルの影響と実験検証【JST・京大機械翻訳】

Effect of Force Fields and Water Models on EGFRvIII-MR1( scFv) Complex by Molecular Dynamics Simulation, MM-PBSA Calculation, and ITC Experiment

著者 (11件)： Ren Jiayi (ji南大学中医学院,广州,510632) ,  Yang Zhiwei (西安交通大学理学院,西安,710049) ,  Zheng Nianjue (ji南大学生物医薬研究院,广州510632;广州中医薬大学順徳医院,順徳528300) ,  Li Junqi (ji南大学生物医薬研究院,广州,510632) ,  Yang Chunlong (广州中医薬大学順徳医院,順徳,528300) ,  Lin Shujian (ji南大学生物医薬研究院,广州,510632) ,  Yang Bing (ji南大学生物医薬研究院,广州,510632) ,  Huang Junqing (ji南大学中医学院,广州,510632) ,  Liao Huaxin (ji南大学生物医薬研究院,广州510632;广東省生物工程薬物重点実験室,广州510632) ,  Yuan Xiaohui (ji南大学生物医薬研究院,广州510632;广東省生物工程薬物重点実験室,广州510632;基因工程薬物国家工程研究中心,广州510632) ,  Ou Shiyi (ji南大学食品科学与工程系,广州,510632)
資料名： Gaodeng Xuexiao Huaxue Xuebao  (Gaodeng Xuexiao Huaxue Xuebao)
巻： 38  号： 11  ページ： 2070-2076  発行年： 2017年 
JST資料番号： C2116A  ISSN： 0251-0790  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 表皮成長因子III型突然変異体(EGFRvIII)抗原ペプチドとその抗体(MR1)及びそのヒト化突然変異体の複合体構造を出発点とし、分子動力学における6種類の常用力場及び3種類の常用溶媒水モデルを採用した。これらの抗原-抗体複合体に対して、100nsの分子動力学シミュレーションと分子力学と連続媒体モデルにより自由エネルギー(MM-PBSA)を計算し、実験において、等温滴定熱量測定(ITC)を用いて抗原と抗体の相互作用の熱力学パラメータを測定した。構造変化、エネルギー変化及び野生型と突然変異体の比較などのいくつかの面から総合的な分析を行い、最適な計算モデルを示した。異なる力場と水モデルの計算精度などの関連問題について検討した。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 計算機シミュレーション ,  *水モデル ,  ヒト ,  *抗体 ,  *力の場 ,  分子動力学 ,  分子内力学 ,  野生型 ,  相互作用 ,  *抗原 ,  抗原抗体複合体 ,  自由エネルギー
準シソーラス用語： 等温滴定熱量測定 ,  分子動力学シミュレーション ,  *計算精度 ,  *EGFRvIII , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Single-chain variable fragment ( scFv ) ,  Molecular dynamics ( MD ) simulation ,  Molecular mechanics/Poisson-Boltzmann surface area(MM-PBSA) ,  Isothermal titration calorimetry(ITC) ,  Root mean square deviation( RMSD)

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (10件)： EGFRvIII ,  抗原 ,  scFv ,  抗体 ,  複合体 ,  計算精度 ,  力場 ,  溶媒 ,  水モデル ,  実験検証