文献

J-GLOBAL ID：201802239874110757   整理番号：18A1154556

長いDNA断片ハイブリダイゼーション捕獲による大メタゲノム領域の解明【JST・京大機械翻訳】

Revealing large metagenomic regions through long DNA fragment hybridization capture

著者 (2件)： Gasc Cyrielle (Universite Clermont Auvergne, INRA, MEDIS, Clermont-Ferrand, France) ,  Peyret Pierre (Universite Clermont Auvergne, INRA, MEDIS, Clermont-Ferrand, France)
資料名： Microbiome (Web)  (Microbiome (Web))
巻： 5  号： 1  ページ： 33  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7333A  ISSN： 2049-2618  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】ハイスループットDNA塩基配列決定技術は,単一生物またはメタゲノム試料からの全ゲノムのde novo集合を含む,ゲノム解析を革命化した。しかし,複雑または低被覆率領域を組み立てるための短い読み取り配列データの限られた能力のために,ゲノムは典型的に断片化され,多数の低過剰の大きなゲノム領域を持つドラフトゲノムをもたらす。これらの欠落した配列を明らかにすることは,多くの生物学的研究における懸念を解決する主要な目標である。【方法】これらの限界を克服するために,著者らは,大きな未知のゲノム領域の再構築のための革新的な標的濃縮法を開発した。ハイブリダイゼーション捕捉戦略に基づいて,このアプローチは,短い標的DNA配列に隣接する数十キロ塩基対の再構築を可能にする大きなゲノム領域の濃縮を可能にする。【結果】linA遺伝子,ヘキサクロロシクロヘキサン(HCH)分解のバイオマーカーを標的とするメタゲノム土壌試料に適用したところ,本法は遺伝子とその隣接領域の濃縮を可能にし,いくつかのコンティグと完全なプラスミドの再構築を可能にした。したがって,遺伝子会合とゲノム再構築を通して,著者らは,生物刺激処理を改善するための標的を構成するHCH分解に関与する微生物種を同定した。結論:この新しいハイブリダイゼーション捕捉戦略は,大規模なゲノム領域濃縮を通して可能な複雑なゲノム領域を調査し,deconすることを可能にし,メタゲノム多様性の効率的な調査を可能にする。実際に,このアプローチは,微生物生態学の究極の目標の一つである自然環境における微生物に対する同一性と機能を割り当てることを可能にする。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： バイオレメディエーション ,  プラスミド ,  *ゲノム ,  *捕獲 ,  自然環境 ,  バイオマーカー ,  微生物 ,  塩基対 ,  再構成
準シソーラス用語： メタゲノミクス ,  コンティグ ,  ゲノミクス ,  DNA配列 ,  ハイスループット ,  *メタゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 大ゲノム領域再構築 ,  メタゲノミクス ,  ハイブリダイゼーションによる配列捕捉 ,  バイオレメディエーション

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  遺伝学研究法  (EC01020N)

引用文献 (38件)：

• Nucleic Acids Res; Sequence capture by hybridization to explore modern and ancient genomic diversity in model and nonmodel organisms; C Gasc, E Peyretaillade, P Peyret; 2016; CR1;
• Nat Rev Genet; Genetic variation and the de novo assembly of human genomes; MJ Chaisson, RK Wilson, EE Eichler; 16; 2015; 627-640; 10.1038/nrg3933; CR2;
• PLoS Comput Biol; Next-generation sequence assembly: four stages of data processing and computational challenges; S El-Metwally, T Hamza, M Zakaria, M Helmy; 9; 2013; e1003345; 10.1371/journal.pcbi.1003345; CR3;
• Annu Rev Genomics Hum Genet; The theory and practice of genome sequence assembly; JT Simpson, M Pop; 16; 2015; 153-172; 10.1146/annurev-genom-090314-050032; CR4;
• PLoS Biol; An estimate of the total DNA in the biosphere; HK Landenmark, DH Forgan, CS Cockell; 13; 2015; e1002168; 10.1371/journal.pbio.1002168; CR5;

タイトルに関連する用語 (4件)： DNA断片 ,  ハイブリダイゼーション ,  捕獲 ,  メタゲノム