文献

J-GLOBAL ID：201802240075323233   整理番号：18A0278432

水産養殖種とその検証タイセイヨウサケにおける親子関係割当とトレーサビリティのための低密度SNPパネルを設計するのに用いられるワークフロー【Powered by NICT】

A workflow used to design low density SNP panels for parentage assignment and traceability in aquaculture species and its validation in Atlantic salmon

著者 (7件)： Holman Luke E. (Scottish Oceans Institute, School of Biology, University of St Andrews, St Andrews KY16 8LB, Scotland, UK) ,  Holman Luke E. (Xelect Ltd, Horizon House, Abbey Walk, St Andrews KY16 9LB, Scotland, UK) ,  Garcia de la serrana Daniel (Scottish Oceans Institute, School of Biology, University of St Andrews, St Andrews KY16 8LB, Scotland, UK) ,  Onoufriou Aubrie (Xelect Ltd, Horizon House, Abbey Walk, St Andrews KY16 9LB, Scotland, UK) ,  Hillestad Borghild (SalmoBreed AS, Sandviksboder 3A, N-5035 Bergen, Norway) ,  Johnston Ian A. (Scottish Oceans Institute, School of Biology, University of St Andrews, St Andrews KY16 8LB, Scotland, UK) ,  Johnston Ian A. (Xelect Ltd, Horizon House, Abbey Walk, St Andrews KY16 9LB, Scotland, UK)
資料名： Aquaculture  (Aquaculture)
巻： 476  ページ： 59-64  発行年： 2017年 
JST資料番号： E0784A  ISSN： 0044-8486  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 正確な親子判定には,成功した育種プログラムの開発のための鍵である,同系交配の混合ファミリーと制御から家系再構築を可能にした。本研究では,効率的な一塩基多型(SNP)パネル父性割当のための設計のためのワークフローを開発し,タイセイヨウサケ(Salmo salarL.)でそれを検証した。全部で86,468のSNPが制限部位関連DNA配列決定(形成RAD seq)ライブラリーから同定し,品質管理フィルタと厳密な選択基準の適用後1517に減少した。SNPsのサブサンプルはハイスループットSNPアッセイの設計と訓練集合が知られて親の選択したおよび子孫をさらにフィルタリングを達成するために使用した。サケゲノムの均衡の取れた横断94SNPを含むパネルが同定され,既知の家系における100%帰属精度を提供した。さらに,パネルは本研究で使用した100%の精度で三養殖サケ個体群の一つに個体を帰属することができた。について述べワークフローである水産養殖種のための費用対効果の高い血筋割当ておよびトレーサビリティツールの設計に適していることを結論した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 個体群 ,  フィルタリング ,  家系 ,  *パネル ,  *ワークフロー ,  再構成 ,  同系交配 ,  品質管理 ,  一塩基多型 ,  *親子関係 ,  選択基準 ,  フィルタ ,  *トレーサビリティ ,  *養殖
準シソーラス用語： 費用対効果 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： SNP ,  親子関係の帰属 ,  タイセイヨウサケ ,  トレーサビリティ ,  系統 ,  ワークフロー

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  牛  (FD02020Y)

タイトルに関連する用語 (10件)： 水産養殖 ,  検証 ,  タイセイヨウサケ ,  親子関係 ,  割当 ,  トレーサビリティ ,  低密度 ,  SNP ,  設計 ,  ワークフロー