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J-GLOBAL ID：201802240876319839   整理番号：18A1716682

標的化増幅フリー長読取配列決定を用いたヒト血液中のHTT反復要素の詳細な分析【JST・京大機械翻訳】

Detailed analysis of HTT repeat elements in human blood using targeted amplification-free long-read sequencing

著者 (11件)： Hoijer Ida (Science for Life Laboratory, Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Tsai Yu-Chih (Pacific Biosciences, Menlo Park, California) ,  Clark Tyson A. (Pacific Biosciences, Menlo Park, California) ,  Kotturi Paul (Pacific Biosciences, Menlo Park, California) ,  Dahl Niklas (Science for Life Laboratory, Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Stattin Eva-Lena (Science for Life Laboratory, Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Bondeson Marie-Louise (Science for Life Laboratory, Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Feuk Lars (Science for Life Laboratory, Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Gyllensten Ulf (Science for Life Laboratory, Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Ameur Adam (Science for Life Laboratory, Department of Immunology, Genetics and Pathology, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Ameur Adam (School of Public Health and Preventive Medicine, Monash University, Melbourne, Victoria, Australia)
資料名： Human Mutation  (Human Mutation)
巻： 39  号： 9  ページ： 1262-1272  発行年： 2018年 
JST資料番号： W2601A  ISSN： 1059-7794  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAの増幅は,ほとんどの標的配列決定プロトコルにおけるライブラリー調製の間の必須段階として必要である。これは,ヒト疾患に関連する反復拡張を含む,高度に反復性または極端なグアニン-シトシン(GC)含有量を有する領域を標的とするとき,重要な限界となり得る。ここでは,拡張CAG反復がHuntington病の原因となるハンチンチン(HTT)遺伝子の反復要素を研究するための単一分子,リアルタイム(SMRT)配列決定と組み合わせたCRISPR/Cas9システム(No-Amp標的配列決定)を利用した標的濃縮のための増幅フリープロトコルを用いた。また,参照ゲノムへの読み取りのアラインメントに依存しない反復要素解析のためのロバストなデータ解析パイプラインを開発した。この方法を11の診断血液試料に適用し,すべての22の対立遺伝子について,得られたCAG反復数はフラグメント分析に基づく以前の結果と一致した。増幅のないプロトコルは,PCRスタッタの干渉なしに,著者らの試料における反復元素の体細胞の変動性を研究することも可能にした。要約すると,著者らの分析パイプラインと組み合わせたNo-Amp標的配列決定により,PCRに基づく方法を用いて調べることが困難な反復要素を正確に研究することができた。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ヒト ,  アラインメント ,  対立遺伝子 ,  ゲノム ,  遺伝子 ,  *ターゲティング ,  DNA【核酸】 ,  *拡大 ,  Huntington病 ,  データ解析 ,  ロバスト性
準シソーラス用語： Cas9 ,  実時間 ,  単一分子 ,  ハンチンチン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (9件)： 無増幅シークエンシング ,  HTT ,  ハンチントン病 ,  NO-AMP標的配列決定 ,  反復展開 ,  SMRTシークエンシング ,  体細胞モザイク現象 ,  標的化濃縮 ,  標的配列決定

分類 (3件)： 核酸一般  (EB04010U) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (8件)： 標的化 ,  増幅 ,  読取 ,  ヒト ,  血液 ,  反復 ,  要素 ,  分析