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J-GLOBAL ID：201802240947841960   整理番号：18A0787650

MLST,CRISPR-CASアレイおよびカプセルプロファイリングを用いたCrcro属のDNA配列に基づくタイピング【JST・京大機械翻訳】

DNA-Sequence Based Typing of the Cronobacter Genus Using MLST, CRISPR-cas Array and Capsular Profiling

著者 (2件)： Ogrodzki Pauline (School of Science and Technology, Nottingham Trent University) ,  Forsythe Stephen J. (foodmicrobe.com)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 8  ページ： 1875  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Cronobacter属は7種から成り,その中で多くの病原体が記載されている。Cronobacter spp.による最も顕著な感染は,汚染された乳児処方の消費を通して乳児である。この属の記述はDNA配列決定技術により近年大いに改善され,これにより同定のロバストな手段が得られた。しかし,いくつかの種は高度にクローン性であり,これは遺伝子タイピングのいくつかの方法によって無関係な株を区別する能力を制限する。本論文は,Cronobacter属にわたる3つの遺伝子タイピング法の応用を更新する。3つの遺伝子タイピング法は,多遺伝子座配列タイピング(MLST),K抗原および結腸酸(CA)生合成領域のカプセルプロファイリング,およびCRISPR-Casアレイプロファイリングであった。PubMLST Cronobacterデータベースにおけるオープンアクセスにより利用可能な合計1654MLSTプロファイリング及び286全ゲノム配列決定株をこの分析を用いた。臨床感染におけるC.sakazakiiおよびC.malonaticusの優位性を確認した。臨床株の大部分はC.sakazakiiクローン複合体(CC)1と4,配列型(ST)8と12およびC.malonaticus ST7であった。重度の新生児感染症からのC.sakazakiiおよびC.malonaticus分離株と強く関連していると以前に提案されたカプセルプロファイルK2:Ca2は,C.turicensis,C.dublinensisおよびC.univeralisにおいても見出された。CRISPR-Cas型の大部分はI-E(大腸菌)型であった。いくつかの株のC.dublinensisとC.muytjensiiはI-F(Ypseudo)型をコードし,他はcas遺伝子座を欠いていた。拡大プロファイリングの重要性は,政府および産業リスク評価者と同様に研究者にとって有益である。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 乳児 ,  大腸菌 ,  ゲノム ,  クローン ,  感染 ,  *DNA【核酸】 ,  リスク評価 ,  *カプセル ,  データベース ,  病原体
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  *プロファイリング ,  *CRISPR配列 ,  遺伝子タイピング ,  *DNA配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Crcroobacter ,  遺伝子タイピング ,  ゲノム ,  MLST ,  カプセル ,  CRISPR-CASプロファイル

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  微生物感染の生理と病原性  (EG03053T)

タイトルに関連する用語 (8件)： MLST ,  CRISPR ,  CAS ,  アレイ ,  カプセル ,  プロファイリング ,  DNA ,  配列に基づくタイピング