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J-GLOBAL ID：201802241092539852   整理番号：18A1006167

イントロマップ:ゲノム遺伝子導入の検出のための信号解析に基づく方法【JST・京大機械翻訳】

IntroMap: a signal analysis based method for the detection of genomic introgressions

著者 (7件)： Shea Daniel J. (Laboratory of Plant Breeding, Graduate School of Science and Technology, Niigata University, Niigata, Japan) ,  Shimizu Motoki (Iwate Biotechnology Research Center, Kitakami, Japan) ,  Nishida Namiko (Graduate School of Agricultural Science, Kobe University, Kobe, Japan) ,  Fukai Eigo (Laboratory of Plant Breeding, Graduate School of Science and Technology, Niigata University, Niigata, Japan) ,  Abe Takashi (Department of Computer Science, Graduate School of Science and Technology, Niigata University, Niigata, Japan) ,  Fujimoto Ryo (Graduate School of Agricultural Science, Kobe University, Kobe, Japan) ,  Okazaki Keiichi (Laboratory of Plant Breeding, Graduate School of Science and Technology, Niigata University, Niigata, Japan)
資料名： BMC Genetics (Web)  (BMC Genetics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 101  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7366A  ISSN： 1471-2156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 育種プログラムは,2つの植物種の交雑から生じるゲノム遺伝子移入の領域を同定するために,しばしばマーカー支援試験または次世代配列(NGS)データの変異体化に依存している。本論文では,反復親品種との相同性を共有する参照ゲノム配列(アノテーションは必要としない)へのアラインメントを用いて,NGSデータへのシグナル処理技術の適用を通して候補植物のスクリーニングのためのバイオインフォマティクスパイプラインを提示した。著者らは,in silico模擬ゲノムと著者らのパイプラインを用いた交雑品種データセットの両方を用いて,遺伝子導入ゲノム領域の正確な同定を示した。さらに,標的マーカーに基づくアッセイにより,ハイブリッド品種に対するIntroMap予測領域の検証を示した。このアプローチは,大きな個体群のスクリーニングを自動化するために使用でき,時間と労力を減らし,マーカーに基づくアプローチと比較して,遺伝子移入領域の検出精度を改善することができる。一般的に変種の呼び出しステップに依存する他の手法とは対照的に,この方法は,アラインメントのみに頼ることなく,変形することなく,遺伝子移入領域の正確な同定を達成する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ゲノム ,  個体群 ,  作物育種 ,  予測 ,  品種 ,  交雑 ,  信号処理 ,  信号解析 ,  相同性 ,  アラインメント ,  自動化 ,  *遺伝子導入 ,  アノテーション ,  in silico ,  ゲノム配列 ,  改変

著者キーワード (4件)： 植物育種 ,  種間交雑 ,  遺伝子移入 ,  信号解析

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (37件)：

• Front Plant Sci; Strategies for transferring resistance into wheat: from wide crosses to GM cassettes; BBH Wulff, MJ Moscou; 5; 692; 2014; 1-11; citation_id=CR1
• Nat Rev Genet; Beyond the thale: comparative genomics and genetics of Arabidopsis relatives; D Koenig, D Weigel; 16; 5; 2015; 285-98; 10.1038/nrg3883; citation_id=CR2
• Int J Genomics; Transcriptome Analysis of Interspecific Hybrid between Brassica napus and B. rapa Reveals Heterosis for Oil Rape Improvement; J Zhang, G Li, H Li, X Pu, J Jiang, L Chai, B Zheng, C Cui, Z Yang, Y Zhu, L Jiang; 2015; 2015; 1-11; citation_id=CR3
• Front Plant Sci; Genome-wide gene expression perturbation induced by loss of C2 chromosome in allotetraploid Brassica napus L; B Zhu, Y Shao, Q Pan, X Ge, Z Li; 6; September; 2015; 763; citation_id=CR4
• Genome; Development and chromosomal localization of genome-specific DNA markers of Brassica and the evolution of amphidiploids and n=9 diploid species; K Hosaka, SF Kianian, JM McGrath, CF Quiros; 33; Harberd 1972; 1989; 131-42; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (3件)： ゲノム ,  遺伝子導入 ,  信号解析