微生物群集における分類群特異的存在量のPCRに基づく定量化:共通の落とし穴の定量化と回避【JST・京大機械翻訳】

Bonk Fabian; Popp Denny; Harms Hauke; Centler Florian

文献

J-GLOBAL ID：201802241239729903 整理番号：18A1867640

微生物群集における分類群特異的存在量のPCRに基づく定量化:共通の落とし穴の定量化と回避【JST・京大機械翻訳】

PCR-based quantification of taxa-specific abundances in microbial communities: Quantifying and avoiding common pitfalls

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巻： 153 ページ： 139-147 発行年： 2018年
JST資料番号： H0882A ISSN： 0167-7012 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：文献レビュー発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

複雑な微生物群集における相対的および絶対的な種特異的豊度の定量化は,自然および人工生態系を理解しモデル化するために重要である。この定量化に固有の多くの誤差は,良く知られているが,まだ十分に扱われておらず,実験結果の完全に異なる解釈に導く可能性がある。本レビューは,相対的および絶対的な種特異的ゲノム豊度の定量化のためのアンプリコンの次世代配列決定(NGS)および定量的リアルタイムPCRの重要な評価を提供する。DNA抽出から出発して,以下の誤差源を考慮した:DNA抽出効率,PCR関連バイアス,ゲノム当たりの株特異的16S rRNAオペロンコピー数の分散,および定量的リアルタイムPCRとNGSデータの分析。これらの誤差を推定し最小化するツールと方法を示し,公表データについて実証した。結論として,16S rRNA遺伝子のアンプリコン配列決定およびqPCRは,相対的および絶対的な種特異的ゲノム豊度を決定するための価値あるツールであるが,結果は,レビューされた誤差源が無視されるならば,真の値から数桁ずれることができる。これらの誤差の多くは費用効率の良い方法で最小化でき,このレビューで示されたように,大きな誤差は,妥当性チェックにより容易に同定できる。最後に,細胞数と微生物バイオマスへのゲノム豊度の正確な変換を,数学モデルへのPCRに基づく豊度の統合のための重要な将来の研究課題として指摘した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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微生物検査法 , 微生物・ウイルス学研究法一般

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