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J-GLOBAL ID：201802241409163184   整理番号：18A1154575

ミクロビオーム研究における最適化法とdoりの落とし穴【JST・京大機械翻訳】

Optimizing methods and dodging pitfalls in microbiome research

著者 (15件)： Kim Dorothy (Division of Gastroenterology, Hepatology, and Nutrition, The Children’s Hospital of Philadelphia, Philadelphia, USA) ,  Hofstaedter Casey E. (Division of Gastroenterology, Hepatology, and Nutrition, The Children’s Hospital of Philadelphia, Philadelphia, USA) ,  Zhao Chunyu (Division of Gastroenterology, Hepatology, and Nutrition, The Children’s Hospital of Philadelphia, Philadelphia, USA) ,  Mattei Lisa (Division of Gastroenterology, Hepatology, and Nutrition, The Children’s Hospital of Philadelphia, Philadelphia, USA) ,  Tanes Ceylan (Division of Gastroenterology, Hepatology, and Nutrition, The Children’s Hospital of Philadelphia, Philadelphia, USA) ,  Clarke Erik (Department of Microbiology, University of Pennsylvania, Philadelphia, USA) ,  Lauder Abigail (Department of Microbiology, University of Pennsylvania, Philadelphia, USA) ,  Sherrill-Mix Scott (Department of Microbiology, University of Pennsylvania, Philadelphia, USA) ,  Chehoud Christel (Department of Microbiology, University of Pennsylvania, Philadelphia, USA) ,  Kelsen Judith (Division of Gastroenterology, Hepatology, and Nutrition, The Children’s Hospital of Philadelphia, Philadelphia, USA) ,  Conrad Maire (Division of Gastroenterology, Hepatology, and Nutrition, The Children’s Hospital of Philadelphia, Philadelphia, USA) ,  Collman Ronald G. (Department of Medicine, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, Philadelphia, USA) ,  Baldassano Robert (Division of Gastroenterology, Hepatology, and Nutrition, The Children’s Hospital of Philadelphia, Philadelphia, USA) ,  Bushman Frederic D. (Department of Microbiology, University of Pennsylvania, Philadelphia, USA) ,  Bittinger Kyle (Division of Gastroenterology, Hepatology, and Nutrition, The Children’s Hospital of Philadelphia, Philadelphia, USA)
資料名： Microbiome (Web)  (Microbiome (Web))
巻： 5  号： 1  ページ： 52  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7333A  ISSN： 2049-2618  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 文献レビュー  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヒト微生物に関する研究は,健康と疾患への多くの洞察をもたらしたが,実験的アーチファクトの豊富さをもたらした。ここでは,実験計画を最適化し,既知の落とし穴を避けるための提案を提示し,その中で研究が行われている典型的な順序で組織化した。最初に,実験計画における最良の実践をレビューし,年齢,食事,抗生物質使用,ペット所有,縦不安定性,および動物研究における共同住宅の間の微生物共有のような一般的交絡因子を紹介する。典型的には,試料は貯蔵される必要があり,いくつかの試料タイプに対する最良の実行に関するデータを提供する。次に,正と負の制御の設計と解析について議論する。それは常に実験サンプルで実行されなければならない。高容量分析のための陽性対照として有用な非生物学的DNA配列の便利なセットを紹介した。負および正の対照の注意深い分析は,汚染がほとんどまたは全ての試料を含むことができる低い微生物バイオマスを有する試料の研究において特に重要である。最後に,多重比較の注意深い制御により実験的ロバスト性を強化し,発見と検証コホートを比較する手法を要約した。ここで要約された実験戦術は,誤差を回避しながら効率的にそれらの研究を進めるために,この励起分野における研究者を助けることを希望する。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 母集団 ,  ヒト ,  アーチファクト ,  実験計画法 ,  微生物 ,  集合住宅 ,  *最適化 ,  励起 ,  不安定性 ,  動物 ,  愛玩動物
準シソーラス用語： 戦術 ,  DNA配列 ,  健康 ,  *常在菌叢ゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： メタゲノミクス ,  16S rRNA遺伝子 ,  ショットガンメタゲノミクス ,  環境汚染 ,  方法 ,  研究設計 ,  最善の実践

分類 (1件)： 微生物検査法  (EG02020G)

引用文献 (129件)：

• Inflamm Bowel Dis; Fungal signature in the gut microbiota of pediatric patients with inflammatory bowel disease; C Chehoud, LG Albenberg, C Judge, C Hoffmann, S Grunberg, K Bittinger, GD Wu; 21; 8; 2015; 1948-1956; 10.1097/MIB.0000000000000454; CR1;
• J Microbiol Biol Educ; Turning participatory microbiome research into usable data: lessons from the american gut project; JW Debelius, Y Vazquez-Baeza, D McDonald, Z Xu, E Wolfe, R Knight; 17; 1; 2016; 46-50; 10.1128/jmbe.v17i1.1034; CR2;
• PLoS Comput Biol; Microbial co-occurrence relationships in the human microbiome; K Faust, JF Sathirapongsasuti, J Izard, N Segata, D Gevers, J Raes, C Huttenhower; 8; 7; 2012; e1002606; 10.1371/journal.pcbi.1002606; CR3;
• Nature; A framework for human microbiome research; 486; 7402; 2012; 215-221; 10.1038/nature11209; CR4;
• Cell Host Microbe; Inflammation, antibiotics, and diet as environmental stressors of the gut microbiome in pediatric crohn’s disease; JD Lewis, EZ Chen, RN Baldassano, AR Otley, AM Griffiths, D Lee, FD Bushman; 18; 4; 2015; 489-500; 10.1016/j.chom.2015.09.008; CR5;

タイトルに関連する用語 (4件)： ミクロビオーム ,  研究 ,  最適化 ,  DO