in silicoゼブラフィッシュmatrisome:細胞外マトリックス遺伝子と蛋白質機能を研究するための新しいツール【Powered by NICT】

Nauroy Pauline; Hughes Sandrine; Naba Alexandra; Ruggiero Florence

文献

J-GLOBAL ID：201802242146773905 整理番号：18A0489588

in silicoゼブラフィッシュmatrisome:細胞外マトリックス遺伝子と蛋白質機能を研究するための新しいツール【Powered by NICT】

The in-silico zebrafish matrisome: A new tool to study extracellular matrix gene and protein functions

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資料名：
巻： 65 ページ： 5-13 発行年： 2018年
JST資料番号： W1618A ISSN： 0945-053X 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

細胞外マトリックス(ECM)蛋白質は大部分の組織および器官の主要成分である。組織凝集と生体力学におけるその重要な役割に加えて,それらは主に胚発生,組織ホメオスタシスと修復中の種々の重要な生物学的過程を調節する。本質的には,ECM蛋白質は細胞外空間に局在する分泌蛋白質として定義された。ヒトおよびマウスmatrisomesの特性化は,包括的リストE CM蛋白質によるE CMアクターの最初の定義を提供し,カテゴリーに分類した。ゼブラフィッシュは,ECM生物学を研究するための一般的なモデルになっているので,著者らはin silico遺伝子オルソロジーベースアプローチを用いたゼブラフィッシュmatrisomeを特性化しようとした。in silicoゼブラフィッシュmatrisomeをコードする千二の遺伝子の同定を報告する。独立検証を用いて,オルソロジーベースアプローチのロバスト性の証拠を提供した。さらに,全ゲノムとmatrisomeレベルでヒトおよびゼブラフィッシュ遺伝子間のオーソロジー関連性を評価し,ECM遺伝子の異なった種類が進化的圧力を受けるが異なることを示した。最後に,ゼブラフィッシュmatrisomeリストは骨格E CMの以前に公表されたプロテオミクス研究の例を用いたビッグデータの注釈付けに用いることができるかを示した。ゼブラフィッシュmatrisomeの確立は疑いなく」 omic」データセットにおけるE CM成分の分析を促進するであろう。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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細胞生理一般

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