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J-GLOBAL ID：201802242250944649   整理番号：18A0469317

量子化学計算を用いたRamachandranプロットの「峠」領域のための正確な幾何学【Powered by NICT】

Accurate geometries for “Mountain pass” regions of the Ramachandran plot using quantum chemical calculations

著者 (3件)： Jiang Zhongming (International Centre for Quantum and Molecular Structures, College of Sciences, Shanghai University, 99 Shangda Road, 200444, Shanghai, China) ,  Biczysko Malgorzata (International Centre for Quantum and Molecular Structures, College of Sciences, Shanghai University, 99 Shangda Road, 200444, Shanghai, China) ,  Moriarty Nigel W. (Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging Division, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, California 94720)
資料名： Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics  (Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics)
巻： 86  号： 3  ページ： 273-278  発行年： 2018年 
JST資料番号： T0761A  ISSN： 0887-3585  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Ramachandran空間における蛋白質の異常な局所配置は単純な調和形状拘束を用いて蛋白質構造精密化における分子力学的力の場を用いた蛋白質シミュレーションで使用される標準幾何学ツールでよく表現されていない。対照的に,小さなポリペプチド分子モデルを用いた量子化学計算は,明確に定義された骨格Ramachandran配向の正確な形状を予測することができる。 60から60°までの遷移領域φの代表的な高分解能実験X線(≦1.5Å)と非常に良い一致に沿った立体配座のために蛋白質構造はバックボーンC~ 1-N C_α角と非結合O~ 1...C距離の両方で得られ,「標準幾何学」O...C原子の「衝突」をもたらし,アンバーFF99SBは約0.15Å大きすぎる距離を予測した。これらの結果は,量子化学計算は蛋白質の局所構造配置の詳細分析のための有用な支援を加え,あまり理解されていない高エネルギーまたは異常な領域のための改良されたまたは欠落したデータを提供することを確認した。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： シミュレーション ,  立体配座 ,  ポリペプチド ,  *幾何学 ,  分子モデル ,  アンバ ,  タンパク質 ,  分子内力学 ,  高分解能
準シソーラス用語： 高エネルギー ,  局所構造 ,  蛋白質構造 ,  遷移領域 ,  構造精密化 ,  *量子化学計算 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： backbone ,  B3LYP D3 ,  DFT ,  局所構造 ,  ポリペプチド ,  蛋白質 ,  異常な配列

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (3件)： 量子化学計算 ,  プロット ,  幾何学