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J-GLOBAL ID：201802242396584898   整理番号：18A0166651

生物種系統樹に組み込まれた遺伝子ファミリーの進化の歴史を推論するための統合パイプライン:STIMATE遺伝子ファミリーの事例研究

Integrated pipeline for inferring the evolutionary history of a gene family embedded in the species tree: a case study on the STIMATE gene family

著者 (6件)： SONG Jia (Beijing Normal Univ., Beijing, CHN) ,  ZHENG Sisi (Beijing Normal Univ., Beijing, CHN) ,  NGUYEN Nhung (Texas A&M Univ., Houston, USA) ,  WANG Youjun (Beijing Normal Univ., Beijing, CHN) ,  ZHOU Yubin (Texas A&M Univ., Houston, USA) ,  LIN Kui (Beijing Normal Univ., Beijing, CHN)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Oct  ページ： 18:439 (WEB ONLY)  発行年： 2017年10月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:系統発生の推論は多くの進化論的問題に答える重要な基礎であるため,多数のアルゴリズムが開発されている。これらのアルゴリズムのいくつかは,遺伝子進化モデルを進化プロセスの階層を収容することの期待値と統合することによって改善されてきた。しかし,著者らが知る限りでは段階的または同時的な方法ですべての進化過程を考慮に入れることができる単一の統合モデルまたはアルゴリズムはまだない。結果:3つの既存の系統発生推論アルゴリズムに基づいて,与えられた遺伝子ファミリーの進化の歴史を推論するための統合パイプラインを構築した。このパイプラインは,遺伝子配列の進化,遺伝子の重複-喪失,遺伝子移入および多生物種コアレッセンス過程をモデル化することができる。事例研究としてこのパイプラインを,ORAIおよびSTIM蛋白質によって媒介されるストア作動性Ca²⁺流入(SOCE)において重要な役割を果たすことが最近報告されたSTIMATE(TMEM110)遺伝子ファミリーに適用した。シーケンシングされた69の脊椎動物ゲノム中にそれらの系統樹を推定した。結論:3つの系統樹再構築アルゴリズムを多様な進化モデルと統合することにより,遺伝子ファミリーの進化の歴史を推測するためのパイプラインを開発し,その応用を実証した。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： カルシウムチャンネル ,  膜貫通タンパク質 ,  *系統樹 ,  *遺伝子 ,  系統発生 ,  *生物進化 ,  分子進化 ,  モデル ,  推論 ,  パイプライン ,  合体 ,  ヌクレオチド配列 ,  遺伝子重複 ,  遺伝子欠損 ,  遺伝子導入 ,  *脊椎動物 ,  *歴史
準シソーラス用語： ORAI1蛋白質 ,  ORAI2蛋白質 ,  STIM1蛋白質 ,  STIM2 ,  生物種 ,  *進化系統樹 ,  *遺伝子ファミリー ,  進化論 ,  遺伝子進化 ,  進化過程 ,  統合モデル ,  生物種コアレッセンス ,  遺伝子配列 ,  遺伝子喪失 ,  遺伝子移入 ,  進化モデル ,  ストア作動性カルシウム流入 ,  *進化史

分類 (3件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (9件)： 生物種 ,  系統樹 ,  遺伝子ファミリー ,  進化 ,  歴史 ,  推論 ,  統合 ,  パイプライン ,  研究