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J-GLOBAL ID：201802242407505003   整理番号：18A0965658

Sus scrofa Pre-1正弦エレメント間のトランスクリプトーム全体RNAエディティングの証拠【JST・京大機械翻訳】

Evidence for transcriptome-wide RNA editing among Sus scrofa PRE-1 SINE elements

著者 (7件)： Funkhouser Scott A. (Genetics Graduate Program, Michigan State University, East Lansing, USA) ,  Steibel Juan P. (Department of Animal Science, Michigan State University, East Lansing, USA) ,  Bates Ronald O. (Department of Animal Science, Michigan State University, East Lansing, USA) ,  Raney Nancy E. (Department of Animal Science, Michigan State University, East Lansing, USA) ,  Schenk Darius (Department of Animal Science, Michigan State University, East Lansing, USA) ,  Schenk Darius (Heinrich-Heine University, Dusseldorf, Germany) ,  Ernst Catherine W. (Department of Animal Science, Michigan State University, East Lansing, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 360  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】ADAR(RNAに作用するアデノシンデアミナーゼ)蛋白質によるRNA編集は,ヒトおよび他の霊長類の間で広範囲にわたる転写調節の形態である。推定RNA編集部位を同定するために使用されたハイスループットスキャンに基づいて,ADARは霊長類トランスクリプトームの反復領域内でのアデノシン遷移に対するアデノシンのかなりの数を触媒するように見え,それによりゲノムにコードされる遺伝子変異を劇的に増強する。結果:同じブタからDNAとRNA配列データを利用することにより,ブタトランスクリプトームの編集可能性を示した。3つの組織にわたるDNAとRNA配列の間の合計8550のミスマッチを同定し,これらの75%がAからG(DNAへのDNA)の不一致を示し,標準的なADAR触媒RNA編集イベントを示した。ゲノムの反復領域内のミスマッチのみを考慮すると,AからGへの割合は94%に増加し,これらの大部分はブタ特異的SINEレトロトランスポゾンPRE-1内に位置した。以前に霊長類で検証されたコード領域内のAからG編集の証拠も観察した。結論:著者らのハイスループット証拠は,ADARによる広範なRNA編集がブタにおける遺伝的変異を劇的に強化するために霊長類系統の外側に存在することを示唆する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 編集 ,  遺伝子変異 ,  アデノシンデアミナーゼ ,  タンパク質 ,  ヒト ,  *RNA【核酸】 ,  レトロトランスポゾン ,  DNA【核酸】 ,  *トランスクリプトーム ,  霊長類 ,  リボザイム ,  *RNAエディティング ,  ゲノム ,  診断用薬 ,  プリンヌクレオシド ,  リボヌクレオシド
準シソーラス用語： ハイスループット , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Pre-1 ,  RNAエディティング ,  ブタ ,  バイオインフォマティクス

分類 (1件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J)

物質索引 (1件)： アデノシン

引用文献 (32件)：

• Cell; Major transcript of the frameshifted coxll gene from trypanosome mitochondria contains four nucleotides that are not encoded in the DNA; R Benne, J Van Den Burg, JPJ Brakenhoff, P Sloof, JH Van Boom, MC Tromp; 46; 1986; 819-26; 10.1016/0092-8674(86)90063-2; CR1;
• PLoS Biol; Widespread A-to-I RNA editing of Alu-containing mRNAs in the human transcriptome; A Athanasiadis, A Rich, S Maas; 2; 2004; 10.1371/journal.pbio.0020391; CR2;
• Genome Res; A survey of RNA editing in human brain; M Blow; 14; 2004; 2379-87; 10.1101/gr.2951204; CR3;
• Nat Biotechnol; Systematic identification of abundant A-to-I editing sites in the human transcriptome; EY Levanon, E Eisenberg, R Yelin, S Nemzer, M Hallegger, R Shemesh; 22; 2004; 1001-5; 10.1038/nbt996; CR4;
• Trends Genet; Is abundant A-to-I RNA editing primate-specific?; E Eisenberg, S Nemzer, K Yaron, S Rotem, R Gideon, EY Levanon; 21; 2005; 73-7; 10.1016/j.tig.2004.12.005; CR5;

タイトルに関連する用語 (5件)： Sus ,  エレメント ,  トランスクリプトーム ,  RNAエディティング ,  証拠