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J-GLOBAL ID：201802242545430556   整理番号：18A1006124

弾性ネット回帰からの内部重みを持つ遺伝的リスクスコアを用いた連鎖不平衡と雑音の存在下における遺伝子-環境相互作用の検出【JST・京大機械翻訳】

Detection of gene-environment interactions in the presence of linkage disequilibrium and noise by using genetic risk scores with internal weights from elastic net regression

著者 (5件)： Huels Anke (IUF-Leibniz Research Institute for Environmental Medicine, Duesseldorf, Germany) ,  Huels Anke (Faculty of Statistics, TU Dortmund University, Dortmund, Germany) ,  Ickstadt Katja (Faculty of Statistics, TU Dortmund University, Dortmund, Germany) ,  Schikowski Tamara (IUF-Leibniz Research Institute for Environmental Medicine, Duesseldorf, Germany) ,  Kraemer Ursula (IUF-Leibniz Research Institute for Environmental Medicine, Duesseldorf, Germany)
資料名： BMC Genetics (Web)  (BMC Genetics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 55  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7366A  ISSN： 1471-2156  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】遺伝子-環境(GxE)相互作用の分析のために,一般的に単一ヌクレオチド多型(SNP)は遺伝的感受性を特徴付けるために使用される。この問題を克服するための一つの有望なアプローチは,遺伝子変異体のリスク対立遺伝子の加重和として定義される重み付き遺伝的リスクスコア(GRS)の使用であるかもしれない。金標準は,公表されたメタ分析から外部重みを使用することである。【方法】本研究では,多変量弾性ネット回帰により推定されたSNPの限界遺伝的影響から内部重みを用い,それにより,利用可能な外部重量がない場合に用いることができる方法を提供した。著者らは,GxE相互作用の検出のためのシミュレーション研究を行い,6つのリスクSNPを有するシナリオにおける非加重および著者らの重みづけGRSアプローチによる単一SNP解析のパワーおよびタイプI誤差と,高度相関(210まで)および雑音SNP(最大840)の増加数を比較した。【結果】加重GRSの適用は,一般的な単一SNPアプローチと比較して,パワーを非常に増加させた(例えば,それぞれ9%対35.4%)。6つの非相関リスクSNPに対してOR≒1.04との弱い相互作用を検出し,良好に制御されたタイプIエラーを伴うn=700。さらに,重みづけGRSは非加重GRSを上回り,特にSNPの存在下で表現型に影響を及ぼさなかった(例えば,20雑音SNPを6つのリスクSNPに加えたとき,それぞれ90.1%対43.9%)。SALIAコホート(n=402)における肺炎症に関する実際のデータ応用において,加重GRSの性能を確認した。しかし,多くのノイズSNP(>200対6リスクSNP)を有するシナリオにおいて,より大きなサンプルサイズは,増加したタイプI誤差を避けるために必要であるが,高い数の相関SNPは小さなサンプル(例えばn=400)においてさえ扱うことができる。結論:結論として,多変量弾性ネット回帰によって推定されたSNPの限界遺伝的影響からの重みづけGRSは,高い連鎖不平衡とノイズのシナリオにおける遺伝子-環境相互作用を検出する強力なツールであることが示された。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *弾性 ,  回帰モデル ,  重みづけ ,  メタ分析 ,  *相互作用 ,  *遺伝子 ,  *雑音 ,  一塩基多型 ,  母集団 ,  対立遺伝子 ,  シミュレーション ,  表現型
準シソーラス用語： 加重 ,  *連鎖不平衡 ,  *スコア , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 多遺伝子アプローチ ,  ペナルティ付き回帰モデル ,  LASSO ,  リッジ回帰 ,  連鎖不平衡 ,  騒音

分類 (2件)： 代謝異常・栄養性疾患一般  (GD05010J) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J)

引用文献 (39件)：

• Prev Med; Gene-environment Interaction: definitions and study designs; R Ottman; 25; 1996; 764-70; 10.1006/pmed.1996.0117; CR1;
• Front Genet; A simulation study of gene-by-environment interactions in GWAS implies ample hidden effects; UM Marigorta, G Gibson; 5; 2014; 225; 10.3389/fgene.2014.00225; CR2;
• Genes (Basel); Polygenic scores predict alcohol problems in an independent sample and show moderation by the environment; JE Salvatore, F Aliev, AC Edwards, DM Evans, J Macleod, M Hickman; 5; 2014; 330-346; 10.3390/genes5020330; CR3;
• Nature; Common polygenic variation contributes to risk of schizophrenia and bipolar disorder; SM Purcell, NR Wray, JL Stone, PM Visscher, MC O’Donovan, PF Sullivan; 72; 2009; 1343-1354; CR4;
• J Am Med Assoc; Association between a literature-based genetic risk score and cardiovascular events in women; NP Paynter, DI Chasman, G Pare, JE Buring, NR Cook, JP Miletich; 303; 2010; 631-637; 10.1001/jama.2010.119; CR5;

タイトルに関連する用語 (8件)： 弾性 ,  ネット ,  遺伝的リスクスコア ,  連鎖不平衡 ,  雑音 ,  遺伝子 ,  環境 ,  相互作用