GrMDA  miRNA病関連予測のためのグラフ回帰【JST・京大機械翻訳】

Chen Xing; Yang Jing-Ru; Guan Na-Na; Li Jian-Qiang

文献

J-GLOBAL ID：201802242723032890 整理番号：18A1290260

GrMDA miRNA病関連予測のためのグラフ回帰【JST・京大機械翻訳】

GRMDA: Graph Regression for MiRNA-Disease Association Prediction

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巻： 9 ページ： 92 発行年： 2018年
JST資料番号： U7093A ISSN： 1664-042X 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：スイス (CHE) 言語：英語 (EN)

今日,マイクロRNA(miRNA)と疾患の間のますます多くの関連性が発見されているので,miRNAは生物学的分野において徐々にホットな話題になっている。生物学的実験を実施する際の時間と費用の高い消費のために,科学者を助けることができる計算法は,miRNAと病気の間の最も可能性のある関連性を選択し,さらなる実験的研究のために必要とされる。本研究で著者らは,既知miRNA-疾患関連性,miRNA機能的類似性,疾患意味論的類似性,およびGauss相互作用プロフィールカーネル類似性を結合するMiRNA-疾患協会予測(GRMDA)のためのGraph回帰の方法を提案した。著者らは,miRNA機能的類似性と疾患意味論的類似性の不足を補うために,Gauss相互作用プロフィールカーネル類似性を使用した。さらに,グラフ回帰を,関連空間,miRNA類似性空間,および病気類似性空間を含む3つの潜在空間において,単一値分解および部分最小二乗と呼ばれる2つの行列因数分解アプローチを用いて,同時に実行し,重要な関連属性を抽出し,雑音をフィルタした。leave-one-out交差検証および5回交差検証において,GRMDAはそれぞれ0.8272および0.8080±0.0024のAUCを得た。したがって,その性能はいくつかの以前のモデルより良い。HMDD V2.0データベースにおいて記録されたmiRNA-疾患関連性を用いたリンパ腫の事例研究において,トップ50予測miRNAの88%が実験文献により検証された。既知の関連miRNAを持たない新しい疾患に対するGRMDAの性能を試験するために,著者らは未知のものとして知られているすべての関連miRNAに関する例として,Breast Neoplasmsを取り上げた。著者らは,トップ50の予測miRNAの100%が検証されたことを見出した。さらに,HMDD V1.0に基づくEsophageal Neopoplasに対する事例研究におけるトップ50予測miRNAの84%は,既知の関連性を有することが証明された。結論として,GRMDAはmiRNA-疾患関連予測のための効果的で実用的な方法である。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

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分子・遺伝情報処理 , 遺伝子発現

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