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J-GLOBAL ID：201802242946256638   整理番号：18A0161403

進化プロファイルと機能ドメインを用いたユビキチン化蛋白質の計算予測【Powered by NICT】

Computational prediction of ubiquitination protein using evolutionary profiles and functional domains

著者 (4件)： Xu Chun-Hui (Informatics Institute, University of Missouri, Columbia, USA) ,  Qiu Wang-Ren (Computer Department, Jing-De-Zhen Ceramic Institute, Jing-De-Zhen 333046, China) ,  Xiao Xuan (Computer Department, Jing-De-Zhen Ceramic Institute, Jing-De-Zhen 333046, China) ,  Xu Dong (Department of Electrical Engineering and Computer, Science, Bond Life Sciences Center, University of Missouri, Columbia, USA)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2017  号： BIBM  ページ： 2296  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 翻訳後修飾として,ユビキチン化は,細胞シグナル伝達,死亡と局在で示した重要な生物学的プロセスである。ユビキチン化蛋白質の同定は生物学的システムと疾患における分子機構の理解にとって基本的に重要である。質量分析を用いた高スループット実験的研究は多くのユビキチン化蛋白質とユビキチン化部位を同定したが,ユビキチン化蛋白質の大部分は未発見のままであり,よく研究されたモデル生物であった。実験コストを低減するために,計算機(in silico)法はユビキチン化部位を予測するために導入されている。問い合わせ蛋白質はユビキチン化できるかどうかを予測することができるならば,それは意味とユビキチン化部位を予測するための有用である。しかし,すべての計算法は,これまでユビキチン化部位を予測し,不十分な精度でだけであった。本研究では,ユビキチン化部位予測に頼ることなくユビキチン化蛋白質を予測するための最初の計算法を開発した。法はグレイシステムモデルによる配列保存情報から特徴,機能ドメインアノテーションおよび細胞内局在を抽出した。レリーフ特徴選択アルゴリズムの詳細な特徴解析と応用と共に,三データセット上で5倍交差検証の結果は,0.8981の高い精度を達成し,Matthewの相関係数0.7963であった。著者らの研究は,関連した実験設計を誘導し,ユビキチン化経路の機構と変調を研究するための有用な洞察を提供するであろう。Copyright 2018 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： *予測 ,  質量分析 ,  *タンパク質 ,  アルゴリズム ,  特徴選択 ,  相関係数 ,  翻訳後修飾 ,  生体系 ,  *ユビキチン化 ,  実験計画法
準シソーラス用語： 細胞内局在 ,  ハイスループット ,  分子機構 ,  *ユビキチン化蛋白質 ,  *ドメイン構造 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  代謝一般  (EB03050F)

タイトルに関連する用語 (6件)： 進化 ,  プロファイル ,  ドメイン ,  ユビキチン化蛋白質 ,  計算 ,  予測